En el municipio se pueden diferenciar claramente dos modelos de paisajes:
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La montaña, con el monte más elevado del término municipal, el Cabezo de la Jara (1.242 metros), la Sierra de Enmedio y las Peñas de Bejar.
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El valle, donde destacan los llanos del Esparragal y, entre las lomas del Cabezo de la Jara y la Sierra de Enmedio, Puerto Adentro.
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Ambos unidos por sistemas particulares como son los formados por las ramblas, siendo la de Nogalte el cauce más importante del municipio. Afluente suyo es la rambla de Vilerda.
En Puerto Lumbreras existen algunas zonas adehesadas que nos recuerdan cómo debió ser el tapiz vegetal en otros tiempos más fértiles: carrascas, robles, almeces, etc., testigos de la riqueza y diversidad del bosque mediterráneo que ocupó gran parte del término municipal.
En cuanto a la fauna se pueden destacar las anátidas (patos), tórtolas, abubillas, palomas torcaces, lavanderas, colirrojos, etc. Atención especial merecen la jineta, el búho real o la tortuga mora.
