Beniaján se encuentra en el sudeste de la Huerta de Murcia, a los pies de las sierras de Columbares y Cresta del Gallo, extendiéndose por el corredor natural que va desde las cumbres del Puerto del Garruchal hasta la confluencia de los ríos Segura y Guadalentín. En todo este territorio, a caballo entre la huerta y la montaña, conocido con el nombre de Cordillera Sur, destaca la abundante producción agraria, tanto en secano como en regadío: cítricos, almendros y olivos, principalmente.
Es uno de los núcleos de población que se encuentran en la periferia del Parque Regional de Carrascoy y El Valle, con una extensión que abarca gran parte del término beniajanense. Este paisaje forestal está dominado por pinares de pino carrasco, cuenta con 16 especies de flora protegida a nivel regional y con una ZEPA por la especie de búho real (Bubo bubo). Su entorno ofrece la posibilidad de practicar senderismo por un gran número de pistas forestales.