La actual Aljucer, como cabe deducir por su denominación, surgió en época islámica, constituyendo un lugar muy importante para la distribución de las aguas de regadío de la huerta de Murcia. Ocho acequias menores tomaban aquí el agua de la acequia mayor Alquibla ("Sur" en árabe) o Barreras, construcciones que se dividían entre la margen derecha donde se situaban la Alquibla menor, Aljorabia, Alguazas y Junco, y la izquierda con  Albatel, Batán, Gabaldón y Herrera.

El significado del topónimo  árabe de Aljucer ha sido objeto de controversia entre distintos especialistas, por una parte se ha relacionado con el agua, aunque no faltan estudiosos como Bernal Segura quien afirmó que el nombre Aljucer procedía de al-Yuzur, "Las islas", ni los que, como Hernández Carrasco, remontan la raíz etimológica del vocablo hacia el término Yuzair, "Puentecillo", al que se le añadiría el artículo "al" delante, surgiendo Alyuzair, que devendría finalmente en Aljucer.