La Historia medieval de Moratalla está indisolublemente unida a la Orden Militar de Santiago. A la llegada de los castellanos hacia 1241-1242, el castillo o hisn de Muratalla estaba adscrito a la medina de Segura de la Sierra, que fue donada por el rey Fernando III a la orden santiaguista. La pacífica capitulación de toda la comarca permitió que la localidad y otras de su entorno (Benizar, Priego) siguieran estando vinculadas a la villa de Segura como aldeas, manteniendo su originaria población mudéjar.
No sería hasta la década de 1250 cuando Moratalla se convirtiese en villa independiente y cabeza de una encomienda. Treinta años más tarde el maestre Pedro Muñiz realizó la primera colonización cristiana del lugar, entregando tierras a los nuevos colonos, al tiempo que iban desapareciendo los nativos musulmanes. En 1293, para consolidar la incipiente repoblación, se le concedería el Fuero de Cuenca, junto con otras franquezas fiscales tendentes a asentar una población estable.
La cercanía de la frontera granadina condicionó el desarrollo de la localidad, que llegó incluso a ser saqueada por las tropas nazaríes al menos en dos ocasiones (1350 y 1447). La construcción de su imponente castillo y de una muralla atestiguan la importancia militar de Moratalla a lo largo de la Edad Media, de tal forma que tras la conquista de Granada la villa comenzó un espectacular despegue demográfico, que rebasó la antigua cerca, pasando de apenas ciento ochenta vecinos en 1468 a trescientos 'unos 1.200 habitantes- a comienzos del siglo XVI.
Esta omnipresencia de la Orden de Santiago en Moratalla, que se prolongaría hasta el primer tercio del siglo XIX, tuvo su natural reflejo en el archivo municipal. Los dos documentos medievales que se conservan emanaron ambos de la citada Orden: una confirmación las ordenanzas de riegos de 1427 y una confirmación de los privilegios de la villa de 1440.