A raiz de la conquista de Cartagena por las tropas castellanas del príncipe Alfonso (1245), se abre un período de crisis que enlaza con la crisis general de la baja Edad Media. Ni Fernando III ni Alfonso X consiguieron atraer a un número suficiente de castellanos para establecerlos en los territorios recién conquistados, por lo que hubo que recurrir a los cristianos de cualquier procedencia, que nunca llegaron a compensar las pérdidas sufridas por la población anterior. Los recién llegados buscaron las tierras más fértiles y seguras, alejándose de una costa que se había vuelto un lugar sumamente peligroso. El Mediterráneo se había convertido en la frontera frente a un enemigo permanente, cosa que no había sido nunca. Además, el reino de Murcia queda ahora situado como una cuña castellana entre dos países a menudo hostiles, como son el reino árabe de Granada y el reino de Valencia, encuadrado en la corona de Aragón. Y la rebelión de los mudéjares había puesto en duda el sometimiento de la población vencida.
Pronto se forma un círculo vicioso que tardará siglos en romperse: la despoblación hace aumentar la inseguridad y ésta impide el asentamiento en la costa murciana de los pocos pobladores que estaban interesados en ella. Si a esto añadimos las graves limitaciones de la débil agricultura cartagenera, derivadas de la aridez del clima, tendremos una explicación más que suficiente del porqué del despoblamiento, no solo del término cartagenero, sino de toda la costa murciana hasta la segunda mitad del siglo XV, época en la que las circunstancias desfavorables empiezan a cambiar. Y esta situación explica el esfuerzo de los sucesivos reyes para compensar, mediante privilegios y facilidades legales, el asentamiento de los reacios candidatos a establecerse en estas tierras. La actividad legislativa de los reyes se completa con la no menos enérgica política de las autoridades locales de garantizar, mediante pactos con otras poblaciones, la seguridad y el beneficio de los vecinos.
De esta época el Archivo Municipal de Cartagena conserva:
Actas Capitulares: 20
Pergaminos: 27
Cartas Reales: 28
Otros: 125