Una villa romana llamada Villa-Nova
La llegada de los romanos a la Vega del Segura, con sus obras de ingeniería hidráulica, abre nuevas posibilidades en la ocupación del espacio. Las zonas más bajas del pantanoso valle se hacen habitables; se crearon vías de comunicación, infraestructuras y surgen poblados como el de Vilanova. Esta aldea de poca entidad, emplazada junto al río, sería el germen del Beniaján árabe, que ha llegado hasta nosotros.
Villa-Nova fue el nombre del asentamiento romano en la zona, y era una villa rústica. Las villas fueron explotaciones agropecuarias autosuficientes, que producían lo suficiente para comerciar con poblaciones cercanas. Las villas diseminadas a lo largo del Imperio fueron el origen de muchos pueblos actuales. Muchos topónimos actuales también derivan de los nombres latinos, como el Barranco de la Tortoxa, que proviene del latín tortox, tortuoso, o Columbares, en latín palomares. En cuanto a los restos arqueológicos de época romana apenas se han podido rescatar los restos de una pequeña muralla, situada bajo el Puntarrón Chico.
La aldea musulmana de Beniaján
Con el nombre de Benihayzaram, Benihazram, Abenihazram o Aben Hazarani se crea la aldea de Beniaján. El nombre proviene de la unión de dos palabras Beni, prefijo muy extendido en Levante y que significa "hijos o descendientes" y Hasam o Jayzaran, nombre propio del señor de las tierras donde se asienta la villa. Durante años se interpretó la segunda raíz como Aáy-yan, que significa amasadores de yeso, basándose en la actividad que se desarrolló en el pueblo en torno a las canteras de sulfato de cal hidratado.
Los árabes continuaron las labores de canalización e irrigación de los romanos. El Valle del Segura, hasta entonces una zona pantanosa, de difícil aprovechamiento, fue transformado por los musulmanes en una fértil huerta. La Contraparada fue la obra clave para la transformación del cauce, ya que distribuía las aguas por el valle y drenaba los terrenos circundantes a los ríos Segura y Guadalentín. El Guadalentín debe su nombre a Ubad - al - Lentin, río de fango en árabe, en torno a sus canales de desagüe surgen un conjunto de alquerías, explotadas por agricultores del moro Jay Zaran, señor de estas tierras.
Una agricultura próspera y la actividad en torno al yeso convirtieron a Beniaján en uno de los pueblos más desarrollados de la vega. Para la defensa del valle se situaron en la serranía torreones defensivos, de los que permanecen restos en el Puntarrón y en el Cabezo del Moro. La red de acequias que regaba las partes altas de Beniaján partía de la Poza del Azud. En la actualidad se conserva en la acequia madre un muro de contención de 25 metros de largo. La parte superior es árabe y la inferior, de grandes cantos, es romana.
La Reconquista
En la época de la Reconquista era frecuente que los reyes donaran pueblos a señores feudales o a las Órdenes Religiosas, como recompensa por la ayuda recibida. Beniaján fue cedido a la Diócesis de Cartagena, según aparece en un documento de 1272. En este Real Privilegio Alfonso X 'el Sabio' pone el pueblo y sus tierras, que ya contaban con 40 vecinos, junto con las restantes alcarrias de la Huerta, a disposición del prelado de la Diócesis. Posteriormente el pueblo pasó de nuevo a manos del Rey. Familias nobles siguieron explotando las fértiles huertas beniajanenses y también las órdenes monásticas de San Juan de Dios y de los Carmelitas dejaron sentir su influencia en la vida civil y religiosa de la villa.