La indefensión del siglo XVI, los ataques berberiscos
El siglo XVI no comenzaba en Águilas con buenos presagios. Los ataques berberiscos desde el mar, tras la caída de Granada, hacían que la repoblación fuera lenta y difícil. Ya bajo la dinastía de los Habsburgo en la Península Ibérica, Felipe II mandó al Corregimiento de Lorca construir en la costa aguileña la Torre de Cope. Anteriormente, el lugar estaba defendido por el marqués de Los Vélez pero, según parece, en numerosas ocasiones no intervino enérgicamente contra los saqueadores. La Torre de Cope se levantó para la defensa de la factoría de pescadores y para avisar a los campesinos, que cultivaban los campos, de los ataques piratas del Norte de África. La Torre tardó más de 30 años en erigirse debido a contratiempos económicos. En 1573 quedó totalmente terminada y dejaron a su cargo a tres soldados, costeados por Lorca. Hasta hoy, la Torre ha pasado por numerosas reformas, unas debidas a los ataques berberiscos y otras al olvido y la ruina.
En las primeras décadas del siglo XVII las Torres de Cope, Águilas y Terreros fueron saqueadas y casi destruidas. A mediados de siglo se decide artillar la Torre de Águilas con dos cañones traídos desde Cartagena. La potencia de fuego conseguida hará que los ataques se reduzcan, ante el miedo de los saqueadores a ser hundidos en aguas aguileñas. Para que la guarnición que defendía la zona estuviera más comprometida con su papel, y el riesgo fuera compensado, se decidió aumentar el sueldo de los soldados. Además se les entregaron fanegas de trigo para su manutención. Con este panorama los reenganches eran frecuentes. Los últimos cuatro alcaides que comandarían la Torre de Águilas pertenecían a la casa de Juanes Fernández Valera. Colocaron en la puerta del torreón la imagen de San Juan y desde ese momento la Torre pasó a llamarse de San Juan de las Águilas.
Las primeras construcciones del puerto
A principios del siglo XVIII ya había una pequeña población que vivía en el municipio de Águilas. Se trataba de apicultores y pastores, que tenían su residencia junto a los Castillos de Tébar o Chuecos. La protección de estas atalayas y la relativa lejanía de la línea de costa hacían que tuvieran un mínimo de seguridad para protegerse en caso de ataque. Tras la Guerra de Sucesión, el proveedor de la Casa Real José de Balaguer vio el puerto de Águilas como el lugar idóneo para embarcar sus mercancías, pero una noche de noviembre de 1727, una tormenta hizo que la mayor parte de las existencias fueran a parar al mar. Para que no se repitiera el desastre un año más tarde mandó edificar un gran almacén, una casa para los guardias y una capilla. Fueron las primeras construcciones realizadas en los terrenos donde en época romana había existido Aquilae.
Unos años más tarde, la Torre de San Juan defendió la bahía de Águilas de dos ataques ingleses. Sus barcos debieron partir ante el temor de ser hundidos. En el año 1751 uno de los lienzos de la fortaleza aguileña de San Juan se derrumbó. La causa fue el continuo deterioro que afectaba a la torre desde su construcción. En 1754 comenzó a levantarse el Castillo de San Juan de las Águilas. Pero el peligro berberisco no había cesado y los obreros del Castillo tuvieron que ser escoltados por una Compañía de Infantería de Milicias de Murcia y un escuadrón de Caballería del Algarbe de Cartagena. En 1756 se inauguraba el nuevo baluarte. Para ello se colocó un escudo en la Torre de San Juan con la frase "Fernando VI lo mandó construir. Año del Señor 1756".
Un importante visitante comenzó el sueño de Águilas
El 29 de junio de 1765 llegaba hasta el Castillo de San Juan el conde de Aranda. Al subir hasta el baluarte aguileño comprobó la vista que se tenía de la despoblada y desierta plaza. Según sus palabras, "podríase formar un vecindario interesante con caseríos y calles arregladas, para cuya hermosura y comodidad facilitaría por mi parte el plano más adecuado al terreno y comodidades...". Un primer plano de Sebastián Feringán fue modificado con otro de Mateo Vodopich. A partir de ese momento, una carta del conde de Aranda llegó a Lorca y el Concejo envió a dos ediles para que comenzaran las obras. En poco tiempo se solicitaron los permisos para edificar lo proyectado y abrir distintos comercios. El Rey Carlos III tuvo, por mediación del Conde, noticias de la nueva población murciana. Se puso en contacto con el Ayuntamiento de Lorca, que convocó una sesión extraordinaria en la que se acordarían una serie de medidas a seguir por la ciudad naciente y las autoridades. Estas medidas se referían a la independencia, la defensa y la mejora en infraestructuras de la ciudad. Tras un informe recibido por el conde de Aranda y el fiscal general de Justicia Campomanes sobre el crecimiento de Águilas, decidieron que Lorca otorgara a la ciudad naciente un alcalde para su gobierno. A partir de ese momento el conde de Aranda envió a Águilas a personas muy competentes para fundar una floreciente población.
