El peligro corsario de los siglos XVI y XVII
Los tiempos modernos despuntan con el inicio de los núcleos de población. Las salinas se explotaban mediante arrendatarios, cuyos derechos llegaron a superponerse a los de la Corona. Para recuperar sus derechos sobre las salinas, el Rey compensará a los poseedores de hecho, otorgándoles acciones.
La vida tranquila del litoral marmenorense se vio interrumpida por las incursiones de piratas berberiscos. El fácil acceso a la Albufera permitía a los corsarios desembarcar con facilidad y arrasar la comarca, llevándose botines. Para defenderse de las incursiones se construyeron torres vigía a lo largo del litoral. Por una Carta Pragmática del 6 de junio de 1592, Felipe II anunciaba su intención de levantar una torre defensiva en El Pinatar, entre las de la Forada (Horadada) y la de San Miguel del Estacio, con el fin de conformar un sistema defensivo para la comarca. La Torre del Pinatar se construyó en 1602 y se mantuvo artillada y guarnecida hasta el siglo XVIII.
La primera ermita de San Pedro del Pinatar
En el siglo XVII, el Campo de Murcia asistirá a la proliferación de ermitas, fruto de una misión predicada por padres franciscanos. La población del caserío de El Pinatar estaba compuesta principalmente por pescadores, labriegos, salineros, arrieros y pastores, gentes sencillas y azarosas, que vieron elevarse sobre sus cabezas una ermita que se puso bajo la advocación del pescador y apóstol San Pedro. A partir de entonces El Pinatar pasó a denominarse San Pedro del Pinatar y sus pobladores fueron agrupándose en torno a la sencilla torre de la ermita.
El estallido de la Guerra de Sucesión (1700-1713) colocó a Murcia de parte de Felipe V. Los partidarios del archiduque Carlos de Austria atacaron en 1706 Cartagena, su puerto y la comarca del Mar Menor, que cayeron en manos de la Armada Británica, aliada del archiduque. El duque de Berwick, general borbónico, consiguió recuperar las tierras perdidas, siendo recompensado con la donación de terrenos. Estos terrenos debieron abarcar parte de San Pedro del Pinatar, puesto que existe constancia de que el duque poseyó propiedades en el término. Por esta época, era San Pedro del Pinatar un lugar de realengo del término de Murcia, ya que pertenecía a la Corona y no se encontraba bajo ningún señorío secular o particular.
A mediados del siglo XVIII se llevaron a cabo una serie de reformas en la iglesia de San Pedro del Pinatar, colocándose una campana, erigiéndose tres retablos barrocos y la imagen del apóstol San Pedro, obra del imaginero Francisco Salzillo. Los últimos años de la Edad Moderna en San Pedro del Pinatar fueron de tranquilidad y prosperidad por la disminución de los ataques corsarios y la pujanza económica y demográfica, que llevaron a Carlos IV a concederle una feria por junio, coincidiendo con las celebraciones de su santo patrono. Los padrones de población de finales del siglo XVIII señalan una duplicación de la población entre 1771 y 1798.
