Los árabes y la creación de las encañizadas
La llegada de los árabes a las costas marmenorenses supone la creación de las encañizadas. Los árabes establecieron en las golas estos sistemas de pesca realizados con estacas y cañizo, con los que pescaban mújol y otras especies típicas del Mar Menor. Las golas son pasos del Mar Menor vinculados a San Pedro del Pinatar por razones geográficas. Los adalides árabes del interior, atraídos por la benignidad climática y la suave orografía de la zona, llegaban hasta las costas del Mar Menor, asolando la comarca y cobrando prisioneros y botín, entre los que la sal y la pesca eran bienes muy apreciados.
La Reconquista cristiana de la Albufera
En 1243 las Capitulaciones de Alcaraz producen la sumisión pacífica del reino de Murcia, que pasa a ser protectorado de Castilla y León. Fernando III llegaba a Murcia para confiar a su hijo, el infante don Alfonso, el gobierno de las tierras incorporadas por vasallaje del emir murciano. Don Alfonso ocupó los campos de Murcia y la ciudad de Cartagena. En este tiempo, la jurisdicción del concejo de Murcia llegaba hasta la costa, comprendiendo la Albufera con su campo ribereño y, por tanto, el territorio de San Pedro del Pinatar.
Tras el fallecimiento de Fernando III en 1252, Alfonso X asumía los poderes reales y dividía en dos jurisdicciones, Cartagena y Murcia, esa gran extensión de campo al Sur de las sierras que delimitaban meridionalmente la Huerta. San Pedro del Pinatar quedó dentro del territorio de Murcia. En 1264, Alfonso X entrega las pesquerías del reino de Murcia (entre las que se encontraban las de San Pedro del Pinatar) al, mal llamado, infante don Juan Manuel. Las continuas discordias entre ambos empujaron a Alfonso a despojar al infante del Adelantamiento de Murcia y de las pesquerías de la Albufera, quedando estas últimas en manos de la ciudad de Murcia.
San Pedro del Pinatar: límite entre los reinos de Aragón y Castilla
Los límites entre los reinos de Castilla y Aragón provocaron quebraderos de cabeza a Fernando IV de Castilla y al Rey Jaime II de Aragón. En 1305 decidieron establecer una frontera a través del Campo de Cartagena, que terminaba en el poblado de El Pinatar, fijándose una barra en un peñasco en el mar, que se conocerá a partir de entonces como El Mojón. La Vereda Real discurría a lo largo de la linde y enlazaba con la Vereda Hilada, que constituye el límite entre San Pedro del Pinatar y San Javier. Estas Veredas eran empleadas para la circulación del ganado, que bajaba de la Serranía de Cuenca para pastar en invierno en la Dehesa de la Albufera, actualmente Mar Menor. Esta circulación de ganados constituía una pingüe actividad económica para la zona.
El Libro de Montería de Alfonso XI, escrito en 1340, revela el aspecto de San Pedro del Pinatar en al Baja Edad Media, como una espesa masa forestal, donde en invierno se cazaba el jabalí. En los albores del ocaso medieval, los musulmanes de Granada penetraron en territorio murciano y cartagenero, llegando hasta El Pinatar, donde se libró una batalla de la que los musulmanes tuvieron que acabar retirándose hacia el Valle del Guadalentín. Más tarde, volvieron a intentar la escaramuza, pero fueron derrotados. Por lo tanto, San Pedro del Pinatar asistió a la última incursión de cierta importancia, que penetró por tierras castellanas antes de la reconquista cristiana de Granada en 1492. En los documentos de la época, San Pedro del Pinatar y Los Alcázares aparecen como los puertos de Murcia donde se desembarcaba trigo, para abastecer a la población de la ciudad, cuyo Concejo administraba las pesquerías y encañizadas del territorio pinatarense. San Pedro del Pinatar finaliza la Edad Media con una población en aumento, gracias a la llegada de familias por los sucesivos poblamientos a censos.
