La construcción de una ermita, llamada Iglesia de la Concepción, reafirma la relevancia de la población. Más adelante se construyó la iglesia de San Agustín en 1583. También se levantaría la Casa Tercia, junto al templo, cuya misión era la recaudación de los diezmos para la Iglesia. Las viviendas se construían donde se unían las demarcaciones de Murcia, Cartagena y Lorca, hecho por el que el pueblo quedó sujeto a estos lugares, que se repartirían administrativa y jurídicamente el terreno. Cada uno de los municipios nombraba a un diputado, que era el encargado de hacerse cargo de la parte jurisdiccional que les correspondía.
El camino hacia la independencia
Existen algunos antecedentes que hacían vislumbrar el trayecto hacia la consecución del título de villa. Entre ellos el expediente de 1629, perteneciente a la escribanía de número e implantación de la Aduana, que habla sobre los derechos de barrilla de la zona y que supone un avance en la relevancia jurídica de la localidad. Por otro lado, también se tiene constancia de la implantación de la Junta de Propios y del Pósito de Labradores, que atestiguaba la importancia del territorio. La citada Junta actuaba a modo de Ayuntamiento, por lo que la experiencia y autonomía de Fuente Álamo quedó de manifiesto paulatinamente. Aquel lugar había iniciado, además, un desarrollo de infraestructuras que era cada vez más notable.
Los vecinos emprendieron la decisión de convertirse en villa independiente, segregándose de la propiedad que durante tanto tiempo habían ostentado las vecinas Cartagena, Murcia y Lorca. Ante este empeño se le expide una solicitud al monarca Felipe IV en 1634, pidiendo que se otorgara el título de villa, lo que supondría la consecución de su propio Ayuntamiento. Los vecinos de Fuente Álamo ofrecieron contribuir a tal propósito con una aportación de 50 ducados. Los trámites comenzaban entonces pero los fuentealameros tendrían que esperar aún 66 años más para que el propósito que perseguían se viera cumplido. En ese tiempo la vecindad de Fuente Álamo se debatía entre las sequías ocasionales, las importantes epidemias de paludismo y disentería, que afectaban al territorio y el temor a los asaltos de los bandoleros. Esto pone de relieve la inseguridad en la que se hallaban y la ineficacia de las autoridades.
La manifestación pública de 1694 en la plaza de Carlos II inicia el nuevo impulso del movimiento segregacionista de los fuentealameros. Acudieron todas las autoridades y vecinos del lugar, atestiguando la importancia poblacional de la zona ante el elevado número de manifestantes y el peso y la motivación de sus reclamos. Todos argumentaban que la concesión del derecho de villa era una decisión merecida, que beneficiaba y favorecía su bienestar. A partir de ese día comenzaba el duro trabajo legal de trámites para que sus peticiones fueran escuchadas por la Corona.
Era el año 1700 cuando, por fin, el sueño perseguido se vio cumplido, concretamente el 5 de julio de 1700. Atendiendo a la petición que tiempo atrás su padre había denegado, el Rey Carlos II concede el título de villazgo a Fuente Álamo. Es el comienzo de un dificultoso y largo camino emprendido por los fuentealameros quienes, en su lucha por defender su independencia, se van formando y haciéndose así mismos con cada paso. Y el 20 de julio se constituye el Ayuntamiento bajo la presidencia de Gregorio Reyllo. Pero la independencia sólo durará 22 meses y en 1702 se anula el privilegio. A partir de entonces los alcaldes pasaron a nombrarse rotativamente cada año por una de las tres ciudades (Murcia, Cartagena y Lorca) con jurisdicción en el lugar, convirtiéndose el Ayuntamiento en Junta Administrativa. Felipe V, atendiendo a las peticiones de estos tres municipios, les devuelve la propiedad. El desacuerdo mostrado por los vecinos de Fuente Álamo hizo necesaria la entrada de tropas armadas en el pueblo para conseguir controlar la rebelión, que fue sofocada. Las voces de los fuentealameros no se habían acallado, pero la desilusión fue grande y el poder de sus propietarios mayor. El asunto quedó relegado y en suspenso hasta un siglo después.