Los Reyes Católicos incorporaron a la Corona el maestrazgo de la Orden. Se creó el Consejo de las Órdenes, supremo órgano administrativo. A partir de este momento las órdenes pasan de ser militares, a modo de recompensa para las familias más poderosas de la zona. La encomienda pasó a ser una fuente de beneficios, dirigida por un administrador designado por los nobles. Incluso llegó a darse el caso de que el comendador no visitara en ningún momento la encomienda.
La Fundación de las Parroquias del Valle de Ricote
La presión fiscal del comendador de Ricote se hacía casi insostenible para los mudéjares. El camino más sencillo para cambiar su situación económica era la conversión al cristianismo. Esta conversión hizo que las ermitas del Valle quedaran pequeñas para acoger a tantos fieles. En 1505, bajo el poder del comendador Miguel Pérez de Almazán, se fundan las parroquias del Valle de Ricote sobre los restos físicos y doctrinales de las antiguas mezquitas. El Papa Julio II daría este privilegio mediante la Bula Inter caetera.
Se erigieron las parroquias de Ricote, Blanca, Abarán, Ojós y Ulea. El obispo destinó 200 ducados de renta anual para sostener las parroquias. El dinero iría distribuido según la importancia de cada parroquia. La que más obtendría sería Ricote con 55 ducados. Cada parroquia fue puesta bajo la advocación de un santo. En concreto, Ricote estuvo bajo la de San Pedro Apóstol, aunque ya en este siglo XVI se tenía gran devoción por San Sebastián. En los años siguientes aumentó la población de Ricote y surgieron los moriscos (musulmanes conversos). Vivieron en paz como lo habían hecho en el Valle los mudéjares.
A mediados del siglo XVI el comendador era Enríquez de Quiñónez Enríquez. Bajo su mandato se consolidó la institución concejil, que estaba en Ricote desde principios de siglo. A finales de esta centuria los ingresos de la encomienda superaban en mucho a los gastos. El comendador era un hombre muy poderoso, gracias a la bonanza de esta tierra y al trabajo de la población morisca en la agricultura
Los inicios del siglo XVII, la expulsión de los moriscos
Los trabajos de los moriscos estaban básicamente ligados al mundo de la agricultura. Trabajaban en tierras que habían heredado de sus antepasados musulmanes, pagaban sus impuestos y comerciaban con sus ganancias. Pero a principios del siglo XVII toda su estructura social se vería en peligro ante la posibilidad de que fueran expulsados de la Península Ibérica. El 4 de abril de 1609 Felipe III firmó el decreto por el que los moriscos debían ser expulsados de España. El Valle de Ricote se iba a ver privado de los pobladores, que durante tantos años habían llevado la bonanza económica a las tierras.
Se intentó parar esta expulsión desde Murcia, pero a partir de 1611 la salida era inminente. Los moriscos de Ricote incluso llegaron a rogar al Rey Felipe III su magnanimidad, ante un caso en el que las sinceras conversiones dejaban claro a todas luces la simbiosis que en el Valle se había producido entre todos sus habitantes y la naturaleza que los rodeaba. Pero la decisión de los partidarios de la expulsión era grande y firme. A partir del año 1618, 2.500 moriscos son desalojados del Valle de Ricote por las fuerzas reales. Pero su amor por la tierra que habían trabajado y en la que habían crecido era tal que, según parece, un 65 % de ellos volvieron de incógnito, o se ampararon en las excepciones establecidas por el decreto, o eludieron las disposiciones reales. No obstante, el 35 % restante salió desde puertos como Cartagena hacia el Norte de África.
La nobleza castellana y la encomienda del Valle de Ricote
La familia a cargo de la encomienda del Valle de Ricote durante la totalidad del siglo XVII fue la de Pedro de Toledo. Tuvieron que hacer frente a dos acontecimientos relevantes para la Historia del Valle: la gran crisis de la expulsión de los moriscos; y las disputas entre don Fabrique de Toledo Osorio y el conde-duque de Olivares, que se saldarían con la concesión del título de comendador a don Fabrique. A principios del siglo XVIII el comendador Lucas de Spínola alentaría la iniciativa del Concejo para levantar un gran templo en Ricote. Este templo sería la Parroquia de San Sebastián. El interior de la parroquia albergaría desde 1743 el gran órgano barroco. El resto del siglo XVIII la encomienda recaería en los infantes de la casa real.