La conquista musulmana del territorio y la decadencia de Begastri
En el 713 se produjo la llegada de los musulmanes a las actuales tierras de la Región de Murcia. En ese año se firmó el Tratado de Tudmir, por el que los invasores respetaban las tradiciones y las posesiones visigodas a cambio de obediencia, tributo y la cesión de siete ciudades. Una de ellas era la mítica Begastri. Cuando los musulmanes llegaron a Begastri no se asentaron en la misma ciudad, sino que decidieron construir la suya muy cerca del viejo emplazamiento. La tribu islámica que allí se estableció, los zenehegíes, lo hizo en el cabezo del Puntarrón, con el objetivo de controlar el valle del río Argos y la ciudadela blanca de Begastri. Éste fue el germen del actual Cehegín. Los vecinos se trasladaron poco a poco hacia este emplazamiento. El trasvase de población, acelerado con la ruptura del pacto de Teodomiro en el año 789, hizo que Begastri se convirtiera en comunidad mozárabe. Los habitantes, que optaron por no marchar del asentamiento, reorganizaron su vida haciéndose hueco entre los escombros de la vieja y ruinosa ciudad. Ocuparon el viejo solar a lo largo de los siglos IX y X y quizá, en alguna medida, siguieron habitándolo durante el dominio musulmán.
La Reconquista castellana y la nueva Cehegín
En el siglo XIII el avance cristiano hacia el Sur peninsular se presentaba imparable. Fruto de dicho avance fue la sumisión del reino de Murcia a la Corona de Castilla bajo el régimen de protectorado, tras el acuerdo de Alcaraz de 1243. Comenzaron los asentamientos de los primeros cristianos en Cehegín, concretamente en la actual pedanía de Canara, concedida como señorío a Pedro Meléndez Fan. En 1264 estalla en el reino de Murcia la sublevación mudéjar como consecuencia del progresivo incumplimiento de las cláusulas del tratado de Alcaraz por Alfonso X. Dos años más tarde el levantamiento fue sofocado y como recompensa por su ayuda, 'El Sabio' donó Cehegín, junto a Bullas y Caravaca de la Cruz, a la Orden del Temple. Sin embargo, la sofocación del conflicto y la posterior represión hizo huir a los habitantes musulmanes de Cehegín, que a finales del siglo XIII y principios del XIV estaba despoblado. El fracaso de la repoblación cristiana hizo que fuese anexionada a Caravaca de la Cruz como aldea.
Tras la desaparición de los templarios en 1312, la encomienda de Caravaca, y con ella Cehegín y Bullas, fue a parar a las manos de la Orden Militar de Santiago en 1344. Ese año el monarca Alfonso XI decidió separar Cehegín de Caravaca. Sin embargo, el señorío santiaguista de Cehegín ya se había inaugurado años atrás, cuando en 1335 la Orden compró el señorío de Canara a su propietario, Hurtado Ruiz de Gamarra. Fue en la segunda mitad del siglo XIV cuando Cehegín comenzó a recibir moradores, todavía muy escasos debido a la situación de frontera con el reino de Granada y a las epidemias de peste que asolaron Murcia. Se hizo necesario reconstruir la imagen de la villa con nuevas iglesias y edificios.
La antigua Begastri se fue convirtiendo en el Cabezo de las Ruinas (¿Cabezo Roenas¿) del que se sacaron los materiales. El ascenso poblacional e importancia de la villa aumentó durante la centuria siguiente, hasta el punto que Fajardo 'El Bravo' decide incluirla dentro de sus señoríos conquistados en la rebelión, que emprende por el control del reino contra el adelantado murciano Pedro Fajardo.
