El nombre de Alguazas procede de la palabra árabe 'Al Waza', que significa "la de en medio", por hallarse situada en la confluencia de los ríos Mula y Segura. Durante el período islámico estuvo poblada por la tribu bereber de los Bena Andik. Hay que esperar hasta la Reconquista del reino de Murcia, siglo XIII, para encontrar las primeras referencias escritas que aluden a Alguazas. En los versos 48 y 63 del número 382 de las 'Cántigas de Santa María' se cita Aluaça, acerca de las quejas de Ramón de Rocafull, que había sido desposeído de su heredad. La relación de esta cita con Alguazas está siendo investigada en estos momentos por historiadores de la Región de Murcia.
Señorío de las reinas de Castilla
Alfonso X 'El Sabio' donó Alguazas a su esposa la reina doña Violante, junto con otros lugares del término murciano, que de esta manera dejaban de pertenecer al Rey moro de la Arrixaca. Existe un documento de 1295 en el que ya queda recogida dicha situación. Después Alguazas pasó a ser señorío de María de Molina, viuda del Rey Sancho IV 'El Bravo', y madre de Fernando IV. Tras la ocupación del reino de Murcia por las tropas del Rey aragonés Jaime II (1296-1304), volvió Alguazas a manos de María de Molina. Ésta fue la dueña del señorío alguaceño hasta su muerte, en 1321. Durante ese período nombró a los funcionarios de Justicia, cobró tributos y defendió sus posesiones contra las pretensiones de las poblaciones vecinas.
En 1309, el obispo de Cartagena Martín Martínez conquistó la fortaleza musulmana de Lubrín (Almería). El Rey Fernando IV le concedió su posesión a este prelado. El 20 de febrero de 1311, atendiendo al emplazamiento fronterizo de Lubrín y el peligro de que cayese en manos de los musulmanes granadinos, Fernando IV cambió dicho Castillo al prelado por las posesiones de su madre, María de Molina, en el reino de Murcia: Alcantarilla, Monteagudo, unos baños públicos de Murcia y Alguazas. La única condición que impuso Fernando IV fue que el obispo y el Cabildo de Cartagena no tomasen posesión de dichos bienes hasta la muerte de la reina. Mientras tanto, el episcopado cartaginense tendría Alhama de Murcia y su Castillo para beneficiarse de sus rentas. Después asumiría el señorío sobre las tierras mencionadas.
Señorío eclesiástico
María de Molina murió el 1 de julio de 1321. Rápidamente, obispo y Cabildo se apresuraron a reclamar a Alfonso XI lo pactado diez años atrás. El 1 de enero de 1322, el obispo Juan Muñoz tomó posesión de Alguazas. Nombró al clérigo Juan López alcalde mayor y expulsó al alcaide moro Haín Modur, administrador de los bienes reales en la villa. Desde entonces la jurisdicción civil y criminal de Alguazas quedaba en manos del obispo, el deán y el Cabildo. Cada año, el día de San Juan Bautista (24 de junio) nombraban dos alcaldes ordinarios de lo civil y lo criminal, un alcalde de la hermandad, un alcalde de las huertas, un alguacil, dos regidores, un almojarife (recaudador de impuestos), un mayordomo del Concejo y un escribano.
Los pobladores mudéjares de Alguazas tenían numerosos privilegios. Entre ellos la exención de impuestos como el de yantar (costear la comida del Rey y su séquito cuando visitaba la población) y alfarda (impuesto sobre el agua de riego). Además, contaban con su alcaide propio, que actuaba como intermediario en caso de conflicto entre musulmanes y cristianos. El alcaide de la fortaleza recibía de cada casa de Alguazas una carga de leña al mes y una de paja al año, además de cobrar una tercera parte de las multas y sanciones. El señor (obispo y Cabildo) tenía la exclusiva de molino, horno, almazara, baño, taberna y tienda, que arrendaba imponiendo tasas. Recibía la herencia del moro que moría sin herederos. También nombraba al alcaide de la fortaleza, así como a los cargos concejiles.
La Torre de los Moros, Torre Vieja o Torre del Obispo fue mandada construir por el obispo Pedro de Peñaranda para defender la entrada a la Vega Media del Segura de ataques musulmanes y reforzar el poder del señorío eclesiástico. Al morir dicho prelado, a mediados del siglo XIV, se había levantado la mitad de la torre. Las excavaciones arqueológicas han encontrado restos de enterramientos, lo que ha sido relacionado con la existencia de un cementerio islámico bajo la construcción defensiva. Fue concluida en tiempos del obispo Alonso de Vargas (siglo XIV). Era una torre almenada y con garitas, de unos 12 metros de altura, que albergaba una pequeña guarnición militar. En 1579 quedó en desuso, trasladándose su último alcaide al núcleo urbano.
El siglo XV, época de conflictos
El siglo XV fue una etapa de penalidades para Alguazas. Se vio afectada por las luchas entre los dos linajes nobiliarios más poderosos de Murcia, Manueles y Fajardos. Alguazas fue saqueada, junto a las localidades de la comarca, por las huestes de Alonso Fajardo y Rodrigo Manrique en 1448. Dos años más tarde, el Rey nazarí Muhammad IX 'El Chico' intentó apoderarse de la Torre. Al no conseguirlo, saqueó e incendió la aldea, llevándose consigo a los pobladores musulmanes a Granada.
Surgieron conflictos entre los obispos y el Cabildo acerca del reparto de las rentas percibidas por los señoríos de Alcantarilla y Alguazas. En 1456 el obispo Diego de Comontes y el Cabildo de la Catedral de Murcia llegaron a un acuerdo de partición de bienes. Alguazas quedaba para el obispo y Alcantarilla para el Cabildo. También fueron numerosos los conflictos jurisdiccionales entre Alguazas y los lugares vecinos (Ricote, Molina, Mula y Murcia). Resultando de ello frecuentes amojonamientos durante la Baja Edad Media. Junto a los numerosos hechos de armas, se dieron períodos de sequía alternados con inundaciones, hambrunas y epidemias de Peste bubónica. La población de Alguazas se vio mermada a 110 habitantes. Por ello, los Reyes Católicos eximieron a Alcantarilla y Alguazas de pagar impuestos en 1477 y 1478.
