El comienzo del despegue de Santomera
Un hecho vital para el devenir de la población ocurrió entre 1548 y 1558. Se trató de la desecación de parte de las tierras de esta alquería, lo que brindó a la localidad unas posibilidades de crecimiento muy superiores a las que había tenido hasta ese momento. Esta disposición invitó a aristócratas terratenientes y religiosos a adquirir espacios de tierra aquí, impulsando así el desarrollo y la influencia santomerana.
Otro de los acontecimientos que afectaron notablemente al porvenir de Santomera en el siglo XVI fue el importante resurgimiento de la actividad minera, principalmente de cobre, que ya había sido explotada muchos siglos atrás por los pueblos argáricos. El auge minero y la nueva disposición de las tierras convertidas en regadío condujeron a un crecimiento poblacional del territorio bastante destacado. Santomera se convirtió a finales de la época Moderna en uno de los términos más poblados del reino de Murcia. El esplendor de esta época puede verse reflejado en la construcción de un convento dominico en el siglo XVII, levantado sobre basamentos árabes.
Los cambios del siglo XVIII
La riqueza minera de Santomera se agotaría al cabo de un par de siglos, pero la vida de la localidad no se vio interrumpida por ello. Las buenas cosechas de cultivos (lino, hortalizas, aceite, cereales, seda, o pimientos de bola) le otorgaron una posición destacada dentro de la economía murciana de la época. Como muestra de ese progreso en el año 1785 Santomera aparece ya en los documentos como lugar de realengo con alcalde pedáneo. Unos años después, en 1794, se segregó de Beniel en el aspecto eclesiástico, erigiéndose como vicaría perpetua con cura propio. Santomera ya comenzaba a forjarse por esos años una identidad y personalidad propias, que le pertenecían de hecho. No obstante, aún permanecía bajo la tutela de Murcia y comenzaron a formarse, desde entonces, con más ímpetu los deseos de una autonomía real.