Los pueblos bárbaros rastrearon el terreno santomerano. Alanos, godos, vándalos, suevos y visigodos llegaron hasta esta zona levantina, que se inscribiría en la Provincia Aurariola, dependiendo del condado de Orihuela, que pasará a ser la Cora de Tudmir. La capitalidad de esta zona pertenecía a la ciudad oriolana, de la que Santomera era dependiente jurídica y administrativamante. Se iniciadesde entonces la vinculación histórica de la tierra santomerana a otros municipios próximos. Con la invasión musulmana la capital del reino musulmán pasó a Murcia en el 825. De la Santomera islámica queda el Molino de Agua de Siscar, construido sobre la acequia Zaraiche, aunque hoy día se conserva casi en ruinas e inutilizado.
La aparición de "Santomera"
Se debe esperar a los años de la Reconquista castellana para ver aparecer el nombre de "Santomera" en un documento escrito. Aún así, se cree en la posible existencia de algún poblado en la demarcación de la actual Santomera antes de la Reconquista cristiana. Una referencia a unas alquerías en la parte Oriental de Murcia, lindando con Orihuela de las Crónicas de Alfonso X, han llevado a los historiadores a pensar en ello. De cualquier modo, no fue hasta el año 1272, cuando en el propósito de repartir los heredamientos de la ciudad recuperada entre los pobladores castellanos y catalanes que le habían acompañado en tal operación, aparece por primera vez citado el nombre de "Santomera" como uno de los pagos por la acequia de Aljufia.
Al adentrarse en las raíces donde se funde el nombre de Santomera se advierte el misterio del vocablo. Existen diversas teorías, pero ninguna que pueda verificar su procedencia. Se afirma que es uno de los topónimos de la geografía regional que más incógnitas presenta. Una de las opiniones es la que cree que el prefijo "Sant" agregado al vocablo "Omera", de procedencia más antigua, podría responder a la posible fundación por alguno de los Omar que habitaron Murcia en época medieval.
También se cree en una posible derivación griega de la palabra "Omero", que significa el sitio de la convención. La tradición oral santomerana también recoge la Historia del asentamiento de algunas familias de Francia en los pagos de Santomera, que pudieran ser el núcleo poblacional que daría origen al pueblo y a su nombre. De ser así, estas familias francesas impondrían a la zona, por alguna razón cultural o religiosa, el nombre de "Saint Omer", que hace referencia al santo fundador de la ciudad belga que llevaría su misma denominación, y que siglos después pasó a formar parte de Francia.
La repoblación y evolución de la Santomera medieval
Alfonso X había capitaneado la toma del reino de Murcia en el año 1243, pero el territorio continuó siendo musulmán hasta la sublevación mudéjar de 1266. En esa fecha el monarca castellano tuvo que solicitar la ayuda de su suegro Jaime I. Cuando el Rey aragonés entró en Murcia se encontró con unas tierras abandonadas que, una vez sofocado el levantamiento y quedado el territorio en poder castellano, tuvieron que ser repobladas. De este modo llegaron pobladores catalanes, aragoneses y ultrapirenaicos. Recibieron lotes de tierras, entre las que estaban las 500 tahúllas de Santomera. El desarrollo y evolución del territorio santomerano se vio limitado por su posición fronteriza con el reino de Aragón, lo que marcó la precariedad del desarrollo de la zona. Se tendría que hacer frente a las múltiples complicaciones de esta incómoda posición. Ninguno de los tratados limítrofes que se llevaron a cabo para intentar alcanzar un acuerdo entre Aragón y Castilla especificaron con claridad la posición de Santomera y de Orihuela. Los conflictos continuaron aún mucho tiempo después, sobre todo tras la invasión del Rey aragonés Jaime II en 1296.
A consecuencia de esa indeterminación limítrofe, en algunos documentos Santomera aparecía como parte del reino aragonés. Hasta la creación del Obispado de Orihuela separado del de Cartagena en 1564, los litigios entre Orihuela y Murcia, sufridos directamente por la alquería de Santomera, fueron constantes y frenaron el desarrollo del pueblo santomerano en medio de las tensiones y disputas entre ambas ciudades. Esta situación hacía poco atractiva la vida en aquella zona, a lo que se sumaba las escasas perspectivas de futuro que ofrecía la tierra santomerana. A pesar de las buenas cosechas de cereales y aceite, Santomera aún no estaba en condiciones de brindar un desarrollo favorable. A estas realidades se sumaban las incursiones de moros por los campos de La Matanza, que amenazaban la seguridad del lugar, que tendría que esperar varios años para convertirse en un paraje apacible para vivir.
