La independencia de Mazarrón
El 1 de Agosto de 1572 resultó un día crucial en la Historia de Mazarrón. Felipe II concede el privilegio fundacional de la villa de Mazarrón. A partir de este momento el territorio contó con Ayuntamiento propio, comenzando la vida independiente del municipio. De estas fechas data el escudo de Mazarrón, que surge de las medidas que el procurador del Concejo, Antonio Bascuñana, presenta ante la independencia de Lorca.
El trabajo en las minas continuaba siendo la principal actividad del término municipal, conociéndose cierto auge económico. De esta misma época es la parroquia de San Andrés, la más antigua de la localidad, y cuya obra arquitectónica destaca en su interior, principalmente por el artesonado de madera del techo de la iglesia.
Tiempo de piratas
La inseguridad de la zona se debía a los piratas berberiscos, lo que llevó a la villa a construir torres de vigilancia para defenderse de los ataques. El carácter defensivo del litoral se evidencia en las torres erigidas, algunas de las cuales, como la Torre de la Azohía (ubicada en el término municipal de Cartagena) o El Molinete, se les atribuye un origen cristiano. No todos los autores coinciden, puesto que para algunos la fundación es musulmana, siendo su función la de atalayas costeras.
El peligro que venía del mar fue continuo en estos años. Una leyenda cuenta por qué la imagen que se encuentra en el convento de la Purísima y posee el rostro torcido. Dice la tradición que durante uno de esos ataques, la virgen bajó a la playa para ahuyentar una de esas ofensivas, lo que explica a su vez la gran devoción del pueblo por esta virgen. El esplendor económico decayó en los siguientes siglos, hecho motivado por la aparición de una competencia extranjera en la explotación del mineral. Por ello, en los años sucesivos se recurrirá a nuevas explotaciones para paliar el receso económico.