Época visigoda
La presencia visigoda en Los Alcázares resulta difícil de confirmar. El geógrafo Jiménez de Gregorio afirma: "nada sabemos de los visigodos, aunque se supone que continuarían los núcleos hispano-romanos, si se considera que en esta zona del sureste peninsular prevaleció una provincia goda autónoma con vitalidad suficiente para mantenerse en los primeros tiempos de la dominación islámica". La provincia autónoma goda, a la que se refiere Jiménez de Gregorio, se extendía por una franja de terreno desde la desembocadura del río Segura por Guardamar hasta el río Guadalete, suponiendo la pervivencia, durante muchos años, de un sistema de población basado en las 'villae' romanas (explotaciones agropecuarias).
Presencia musulmana con carácter vacacional
El origen del topónimo de Los Alcázares hunde sus raíces en la época musulmana, procediendo de la palabra árabe 'Al Kazar', que significa castillo, fuerte o fortaleza, y que con el tiempo irá derivando en palacio. La presencia en Los Alcázares de numerosos aljibes y, por lo tanto, del líquido vital para hombres y animales, atrajo a la población musulmana hacia su territorio, que creó un núcleo fortificado aprovechando las termas romanas, elevándolas a la categoría de alcázares moriscos. Con los árabes llegaron las fortificaciones con sus alcázares vigía y los palmerales existentes actualmente en los dos extremos de la localidad, las torres vigía de los 'al kazar' y las casas señoriales.
Los hallazgos arqueológicos encontrados acreditan que se trata del núcleo urbano de mayor antigüedad de los existentes en las riberas del Mar Menor, siendo en su mayor parte vestigios pertenecientes a la época de ocupación musulmana. En la primera mitad del siglo XIX todavía se conservaban algunos viejos paredones pertenecientes a esta época, que se extendían a lo largo del terreno, que actualmente cubren las cuatro manzanas de casas delimitadas por el Paseo Carrión y las calles Cartagena y Madrid.
Los árabes escogieron Los Alcázares como lugar vacacional y de descanso, aprovechando las excelentes propiedades terapéuticas de las aguas marmenorenses; pero también utilizaron el muelle de Los Alcázares, situado en el centro de la bahía, para las transacciones portuarias. Dice el geógrafo Al-Idrisi, en su obra 'Descripción de España' que, aprovechando los pasos de la franja arenosa entre el Mediterráneo y el Mar Menor, penetraban barcos de poco calado cargados con provisiones, que cambiaban por otros productos de la misma comarca, como cereales, vino, miel y pistachos, que habían recibido de la presencia romana y de sus exportaciones al Imperio. Sin embargo, no será hasta la llegada de la repoblación cristiana, cuando Los Alcázares cobre verdadera importancia como puerto pesquero y de mercancías.
Repoblación cristiana
La repoblación cristiana de la comarca del Mar Menor comienza pasado el ecuador del siglo XIII. El Rey Alfonso X ordenó la distribución de las tierras entre las huestes catalanas, aragonesas y castellanas, que habían tomado parte en las sucesivas pacificaciones del territorio murciano. Hacia 1269 quedan definitivamente fijados los límites de las parcelas de secano o regadío, adjudicándose muchas de ellas a familias musulmanas de raigambre. Ante la creciente presión cristiana, entre los años 1272 y 1273, los árabes residentes huyen de la zona, pasando sus propiedades a manos cristianas. Esto animó a muchas familias a asentarse en los campos del Mar Menor, estableciéndose en rahales (casas de labor).
Según fuentes documentales, el Rahal de Abduraffe, con una amplia superficie comprendida entre Los Alcázares y Torre Pacheco, fue otorgado al cristiano Guillén de Narbona y a Pedro Sánchez. Por esta época, Los Alcázares ocupa la capitalidad de la comarca del Mar Menor, potenciando la actividad pesquera, agrícola y pastoril, que había sido iniciada siglos atrás por los colonos romanos. Monarcas y adelantados murcianos mostraban gran interés por mantener el asentamiento y la producción de la planicie fértil marmenorense. Para ello, realizaban ahumadas desde las torres vigía para pedir ayuda a los habitantes de Murcia, en caso de peligro en la costa , y desecaban la planicie de forma periódica, con el fin de eliminar los saladares y almarjales salitrosos, que durante siglos se extendieron sin aprovechamiento rentable.
En el siglo XIV, Fernando IV dispone 15.000 maravedíes para la construcción de un puerto en el Mar Menor. Este hecho, unido a la inestimable ayuda de la red de torres vigía, potencia el tráfico comercial de mercancías y el asentamiento de colonos, que fueron mejorando las condiciones del campo del Mar Menor. Jiménez de Gregorio acredita una carta del monarca Fernando IV por la que concede a Juan Paraleja Fajardo mil tahúllas de almarjal en terrenos salitrosos en Los Alcázares.
En 1330 llegan los Saavedra desde Galicia, llegando más tarde a la zona familias de renombre como los Carriones, Fontes o Arróniz, quienes crearían feudos en este campo. En el siglo XV, la pesquera, puerto y núcleo amurallado de Los Alcázares cae en manos del regidor Sancho de Arróniz. Este hecho encoleriza a los cartageneros, que reclaman sus derechos sobre la albufera ante la Chancillería de Granada, la cual deja sin efecto el acensamiento realizado por el Concejo murciano. Finalmente, un nuevo fallo de la Chancillería de Granada reconoce los derechos del Concejo murciano sobre la albufera, pero reserva la zona sur del Mar Menor para los cartageneros. Entre los años 1519 y 1595 se otorgan veinte parcelas a censo, concediéndole una de mil tahúllas a Cristóbal Fontes, que vincularía a su estirpe al futuro de Los Alcázares.
