El componente faunístico más original y singular, a escala regional, es, sin duda, el asociado al río Segura y a la presencia del bosque de ribera que funciona como un corredor ecológico tanto para las especies terrestres como acuáticas.
De entre todas las especies, hay que destacar la presencia de la nutria, que aquí tiene la mayor población de toda la Región de Murcia. Este carnívoro es un bioindicador del buen estado de conservación del río.
El cañón es un importante lugar de reproducción y refugio para los murciélagos y para las aves asociadas al río. Se encuentran artinetes, avetorillos, garzas reales, ánades reales, martines pescadores, mirlos acuáticos, lavanderas boyeras, oropéndolas, mitos y pájaros moscones. También hacen presencia en los escarpes rocosos las rapaces como el águila real y búho real.
En cuanto a reptiles destaca la presencia del galápago leproso; respecto a los anfibios se citan el sapo común, sapo corredor, rana verde y el gallipato.
El pez más abundante es el barbo, aunque también podemos encontrar especies como la carpa. Entre los invertebrados destaca la presencia del cangrejo de río y un raro caballito del diablo.
