Enfrentamiento entre el Concejo y los señores de Alhama
En el siglo XVI la población era poco numerosa y, además, se veía afectada por desastres naturales como las epidemias y hambrunas. En ese contexto, la situación empeoraba porque el Concejo de Alhama era requerido por los Fajardo, desde 1507 titulados marqueses de Los Vélez, con prestaciones extraordinarias para proteger el litoral de posibles incursiones de los piratas berberiscos. Los Fajardo en este momento eran también capitanes generales de la costa de Cartagena y gobernadores de la región del Oranesado.
Alhama, al no poder librarse del dominio señorial, luchó entonces por la supresión de todas las cargas abusivas de vasallaje. La iniciativa partió del vecino Pascual Rubio, en 1548, siendo secundada por el Concejo, que envió un memorial a la Real Chancillería de Granada como forma de pleito contra don Luis Fajardo, segundo marqués de Los Vélez. En 1592, tras casi medio siglo, los demandantes fueron declarados libres de 13 de las 16 prestaciones denunciadas, pese a que el marqués alegase que tales rentas y derechos fueron ejercidos por sus predecesores "desde tiempo inmemorial".
Las tres prácticas señoriales que se mantuvieron eran las de mayor alcance económico: el derecho a percibir la cuarta parte de la cosecha del regadío, la octava del secano y la duodécima del producto de la barrilla (planta de la cual se obtenía la sosa). De estos importantes servicios se libró la villa poco después, a cambio de ceder al señor el aprovechamiento gratuito de los pastos comunales entre el día primero de octubre y el quince de mayo. Además, se le reconoció el derecho a designar los oficios concejiles entre las personas que figurasen en una terna presentada anualmente por el Concejo, a razón de dos aspirantes por cada cargo.
Alhameños reclutados por los marqueses de los Vélez
Por otra parte, Alhama, en virtud de una merced real concedida por el monarca Felipe II en 1586, tenía el privilegio de designar todos los años en la primera sesión capitular a su capitán y su alférez. Éstos actuaban de caudillos militares de la población en caso de necesidad. Esta improvisada tropa de milicias civiles alcanzó gran fama por su participación en diversos socorros de las plazas norteafricanas de Orán y Mazalquivir, especialmente en 1669. También participaron las huestes de Alhama en la Guerra de Sucesión en apoyo de Felipe de Borbón, junto a los demás soldados murcianos, defendiendo el bastión de Cartagena en los años 1703 y 1711 del asedio de ingleses, holandeses y austriacos. En esa misma contienda socorrieron a la ciudad alicantina de Villena. Paradójicamente, mientras los alhameños combatían en otros lugares su principal elemento defensivo, el Castillo se hallaba abandonado y ruinoso desde el siglo XVII.
Crecimiento en el siglo XVIII
Alhama no se mantuvo al margen del esplendor y renovación que el siglo XVIII supuso para todo el reino de Murcia. De esa época procede el trazado urbano actual, con espaciosas calles y plazas, junto a casas solariegas que rompieron con el trazado urbano medieval. Esta expansión aún hoy se percibe en el casco antiguo. En concreto, en esta centuria se construyó la Iglesia de la Concepción y se reformó la Iglesia de San Lázaro Obispo, edificada en el siglo XVI por los marqueses de Los Vélez. De esta época también proceden edificios civiles como la Casa de la Tercia (donde se cobraba el impuesto de igual nombre) y el Pósito (depósito de cereal del marqués de Villafranca y los Vélez), ambos claros exponentes de la llamada 'arquitectura del grano'.
