En cuanto a los tipos de humedales caracterizados en la Región de Murcia, el último inventario realizado por un equipo de investigación del Departamento de Ecología de la Universidad de Murcia, destaca los siguientes:
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LAGUNA COSTERA (MAR MENOR): Humedal costero, originado a partir del cierre de una cubeta preexistente por procesos litorales de depósito de arenas sobre basamentos rocosos (areniscas calcáreas y afloramientos volcánicos), dando lugar a una barra interrumpida por canales naturales o artificiales denominadas golas.
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CRIPTOHUMEDALES: Humedales crípticos, aquellos en los que la lámina de agua superficial no existe o presenta una extensión muy reducida y carácter temporal, si bien el nivel freático siempre queda lo suficientemente próximo al suelo como para permitir el desarrollo de una comunidad de plantas freatófilas y la presencia de un sustrato saturado en agua y generalmente rico en sales.
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FUENTES Y MANANTIALES: Se incluyen bajo esta denominación aquellos nacimientos de agua (y sus humedales asociados) que se encuentren en estado natural o con un grado de intervención humana moderada.
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BOSQUES DE RIBERA: Humedales en terrazas fluviales, ocupadas por árboles de ribera y vegetación acompañante, caracterizados por una alta productividad biológica y estructuración horizontal en bandas paralelas al río.
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CHARCAS Y POZAS: Se incluyen bajo esta denominación tanto las charcas y pozas de origen natural como las artificiales (charcas ganaderas, graveras...).
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MARISMAS PSEUDOMAREALES. ENCAÑIZADAS: Zona de comunicación entre una laguna costera –Mar Menor– y el Mediterráneo (golas) estabilizada por infraestructuras pesqueras tradicionales (encañizadas). Mantiene un notable dinamismo reflejado en procesos de sedimentación, colonización vegetal y alternancia de inundación-desecación, que permiten el desarrollo de una notable biodiversidad acuática y una alta densidad de aves.
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HUMEDALES CON SALINAS COSTERAS: Explotaciones salineras en funcionamiento (tanto si son económicamente rentables como si están subsidiadas con fines conservacionistas), siempre que se mantenga en ellas el gradiente espacial de salinidad.
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EMBALSES: Cuerpo de agua generado por la interrupción de una red de drenaje, mediante un dique de obra (grandes diques de tierra se consideran análogos), con fines de retención de agua. Se incluye toda la masa de agua, colas y recodos con vegetación palustre.
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ARROZALES: Áreas artificiales temporalmente encharcadas para el cultivo del arroz, localizadas en antiguas llanuras de inundación fluviales. A su importancia cultural, como actividad agrícola tradicional y sostenible, se une el valor ecológico y biogeográfico como refugio de ciertas especies palustres.
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SALINAS INTERIORES: Explotaciones salineras interiores, en su mayor parte artesanales, destinadas a la producción de sal por evaporación de salmueras de diverso origen (ramblas, manantiales, aguas subterráneas o diapiros salinos). Su interés es básicamente cultural, pero también biológico, por representar una lámina de agua hipersalina permanente en la que destacan las comunidades de microorganismos, algas e invertebrados.
A éstos se añaden dos tipos más, si bien son subproductos de determinadas actividades humanas. Son las balsas de riego, y las depuradoras de lagunaje, humedales de carácter netamente artificial, que en los últimos años han adquirido relevancia en Murcia, tanto por su elevado número, como por la extensión de las mismas, siendo algunas de ellas utilizadas por algunas especies de gran interés desde el punto de vista conservacionista.