Las rocas carbonatadas del norte del Campo de San Juan, forman parte del sur de un sinclinal muy abierto, que forma un típico modelado en cuesta. Esta disposición en estratos con un buzamiento muy suave, ha facilitado la infiltración del agua de escorrentía en las permeables calizas bioclásticas, por tanto la disolución y karstificación de estas rocas, cuyo máximo proceso tuvo lugar, probablemente, en el último periodo glaciar. Sus topónimos hacen referencia clara a esta composición calcárea de la roca y formas de disolución, los calares.
Uno de los lugares que la Naturaleza eligió para esculpir una obra de arte, un monumento natural, con gran acierto porque se observa desde todo el Campo de San Juan, es el Calar de las Cuevas de Zaén. De hecho, es conocido y toma el nombre por las cavidades que se observan en sus laderas del oeste y el sur.
Son grandes abrigos y tubificaciones kársticas, formados por el continuo proceso de disolución que afecta a las rocas carbonatadas que originan este relieve (conglomerados calcáreos y calizas bioclásticas) y por la caída de grandes bloques del techo. La precipitación de carbonatos dentro de estas cavidades ha dado lugar a espeleotemas y travertinos, de gran interés didáctico, hoy todavía activos. Sobre estas cavidades, en la superficie del calar, existen también procesos exokársticos que han generado pequeños lapiaces, que se formaron enterrados bajo un suelo y que la posteriormente fueron exhumados al erosionarse.
Por supuesto todos estos procesos kársticos, se pueden observar también en zonas próximas, como en los abrigos de la pedanía de Bajil del Cenajo. Dentro del carrascal de Bajil la disolución superficial ha esculpido otro Lugar de Interés Geológico. En las calizas bioclásticas ha modelado caprichosas formas exokársticas de varios metros de altura, aisladas, dispersas entre el laberinto arbóreo, y algunas cavidades subterráneas que son fáciles de visitar, pero difíciles de encontrar; las cuevas de los Murciguillos y de la Iglesia.
La visita a las cuevas de Zaén, habitadas desde épocas prehistóricas y que hoy día todavía se utilizan para resguardar ganado, es un espectáculo único. Desde ellas se observa el fabuloso paisaje de todo el Campo de San Juan, un ejemplo magnífico para ver la simbiosis entre la evolución geológica y la propia historia ser humano.