La historia de este paraje comienza hace unos 20 millones de años, en el Mioceno inferior (Aquitaniense-Burdigaliense), cuando la zona formaba parte del Estrecho Norbético, brazo de mar que en aquella época comunicaba el Mediterráneo con el Atlántico. La colisión entre zonas Internas y Externas (ver historia geológica de Murcia en este mismo portal) generaban frecuentemente terremotos que, junto con el oleaje causado por tormentas, provocaban la movilización y deslizamiento de los sedimentos (arenas y gravas) depositados en los márgenes del estrecho hacia el fondo de éste (figura 2a).
El oleaje generado por tormentas y movimientos sísmicos conllevaba el arrastre de sedimentos que al depositarse daban lugar a unas estructuras sedimentarias denominadas “Hummocky”. Mientras que la vibración a la que eran sometidos los sedimentos marinos por las ondas sísmicas, provocaba su fluidificación y hacía que los niveles más fangosos y margosos, fluidos y gases, migrasen hacia arriba, buscando la menor presión, curvando la laminación (laminación convolucionada) y rompiendo la estructura de los niveles suprayacentes, es lo que los geólogos llaman volcanes de fango o barro.
Posteriormente, hace unos 16 millones de años comenzó una transgresión marina (figura 2b). Es decir, la zona se fue hundiendo (subsidencia), pasando a estar bajo un mar más profundo, donde sedimentaban margas entre las que se intercalaban capas de arenas procedentes de las zonas más someras aportadas por corrientes de turbidez. En estas arenas los organismos marinos excavaban diversos tipos de galerías que hoy podemos observar fosilizadas (icnofósiles).
La existencia de terremotos o la inestabilidad de los sedimentos más someros generaba el deslizamiento de estas capas semiconsolidadas, que al deslizarse hacia el centro de la cuenca se doblaban y fracturaban, generando pliegues sedimentarios o slumps.
Hace unos doce millones de años, finales del Mioceno medio (Serravaliense) la zona comenzó a emerger (figura 2c). Una regresión marina, una bajada del nivel del mar, dejó sus depósitos costeros en las rocas que hay más al norte, muy cerca de aquí en el cerro de Moratalla la Vieja.
De lo que ocurrió en el resto del Mioceno poco se puede contar, pues no hay registro estratigráfico. Sólo se sabe que la orogenia Alpina cerró el estrecho Norbético, formó las montañas que rodean a este lugar y la zona quedó emergida. La relajación tras esta compresión entre las placas Africana y Euroasiática produjo la formación de las fallas normales. Ya en el Cuaternario, o quizás antes, los cursos fluviales (ríos Alhárabe y Benamor), comenzaron a encajarse causando un importante proceso erosivo, a la vez que algunos movimientos de reajuste tectónico forjaron diversos sistemas de fracturas (diaclasas y fallas). Las fallas normales provocaron desniveles topográficos que conllevaron la existencia de cascadas y un importante proceso de erosión aguas arriba (erosión remontante), que todavía en la actualidad continua con el progresivo encajamiento del río Moratalla y la formación del desfiladero por el que discurre (figura 2d).