La arqueología subacuática se encarga del estudio del patrimonio histórico sumergido, esto es, estructuras históricas, económicas y sociales, a través de la recopilación y la investigación de los elementos de la cultura material, restos constructivos o pecios conservados bajo el agua, ya sea en el mar, en lagos, ríos o cavernas inundadas.
Tradicionalmente se asocia pecios (los restos de un artefacto o nave hundido total o parcialmente en una masa de agua) con la arqueología subacuática; sin embargo, el campo de estudio de esta disciplina es mucho más amplio, pues abarca todos los restos sumergidos relacionados con la actividad humana como puertos, vehículos, cerámica, todo tipo de estructuras... etc.
Aunque hay multitud de técnicas de trabajo, se pueden distinguir dos tipos de actividades subacuáticas: la prospección y la excavación.
La primera fase de la prospección implica la utilización de tecnologías como la el sonar de barrido lateral que permite obtener una imagen del fondo marino gracias a ondas de sonido o el sonar sísmico o perfilador de fondos con las que se puede detectar elementos enterrados en la arena o fango del fondo marino.
Estos sistemas detectan cualquier tipo de anomalía en el fondo marino, que deberá ser analizada por medio de técnicas de prospección similar a las terrestres. Los arqueólogos inspeccionan el terreno deteniéndose en las anomalías que han detectado las técnicas anteriores, identificando los restos, documentándolos y valorando su importancia histórica y arqueológica.
La excavación arqueológica subacuática es compleja y costosa por la gran cantidad de personal que participa: es necesario un equipo de inmersión, personal de apoyo tanto en la embarcación como en tierra y un gran trabajo de gabinete, pues todos los materiales recuperados deben ser sometidos a un largo proceso de restauración, antes de su estudio y difusión científica.
Aunque en Murcia las primeras actividades arqueológicas subacuáticas datan de la década de los 40, es a partir de 1970 cuando vive su gran auge con la creación del Patronato de Excavaciones Arqueológicas Submarinas, dirigido por Julio Más García y las excavaciones de Punta de Algas o San Ferreol.
En los últimos años, la región ha vuelto a tener una gran relevancia en Arqueología Submarina, no sólo por la inauguración de la nueva sede del Museo Nacional de Arqueología Marítima, también por la excavación de los pecios fenicios de Playa de la Isla y la intervención en la dársena de Escombreras que ha posibilitado el estudio sistemático y pormenorizado de un conjunto de seis pecios que sirven de ejemplo del tráfico marítimo en el puerto de Cartagena desde el siglo II a.C hasta el tránsito entre los siglos XII y XIII.