Durante la Guerra de Sucesión existió una gran inestabilidad en cuanto a los corregidores.
1687. Sargento general Antonio de Heredia y Bazán. Mantiene hasta el 30 de abril de 1703 el corregimiento civil y militar en virtud de nombramiento del marqués de los Vélez. Tras declararse la Guerra de Sucesión, convoca un importante Cabildo el 23 de septiembre de 1702 para organizar la defensa de la plaza, construir guarniciones y fijar los cometidos de los regidores y del regimiento municipal.
1703. Sargento general Carlos De Sangil y Lajusticia. Toma posesión ante el Cabildo el 10 de junio. Corregidor civil y militar. Comendador de la Orden de San Juan. Tiene la jurisdicción militar de todo el reino de Murcia. El sargento mayor de la plaza, regidor municipal José Andrés González de Rivera, miembro también del Santo Oficio, es nombrado en el Ayuntamiento teniente de corregidor. Su mandato estuvo absolutamente mediatizado por la presencia cercana de la Armada inglesa y la organización de las compañías de milicias. Se concluye un nuevo polvorín en agosto de 1705. Sus hombres de confianza en el Ayuntamiento fueron los regidores Sebastián Del Poyo y Miguel Antonio Tacón, nombrados respectivamente teniente general y proveedor de artillería de la Plaza. Cesa el 29 de diciembre de 1705.
1705. Brigadier marqués de Fábrega. Con un alcalde mayor, Francisco Del Castillo. Según el Reglamento de 1 de enero de 1706 se hace depender la plaza militar del Departamento de Aragón. El 23 de junio de 1706 se interrumpen los cabildos por la invasión inglesa, propiciada por la traición del cuadralbo de galeras, Luis Manuel Fernández de Córdoba, conde de Santa Cruz de los Manueles. Según Martínez Rizo, este personaje tenía en su poder 57.000 pesos para socorrer en su asedio a la plaza de Orán, abandonando ésta a su suerte y proporcionando al almirante inglés las informaciones y medios precisos para tomar la plaza.
1706. Conde de Gálvez. Nombrado gobernador por el archiduque Carlos durante la dominación inglesa, desde el 25 de junio hasta el 18 de noviembre en que fue recuperada por el duque de Berwich. 3-1-1707. Se restablecen los plenos. Existirá un corregidor militar, el mariscal de campo Daniel Mahony, nombrado el 19 de noviembre de 1706, y un alcalde mayor, Baltasar Romero. 28-2-1707. Se separa la jurisdicción civil de la militar con el fin de quitar trabajo a los gobernadores militares que existieron hasta 1719, en que se unieron de nuevo ambas jurisdicciones: Daniel Mahony, brigadier Luis de Aponte, brigadier Francisco Morejón y mariscal de campo Francisco Ibáñez.
El primer corregidor civil fue Pablo de Ayuso García. Abogado de los Reales Consejos y alcalde del crimen de la Real Audiencia de Sevilla. Mantuvo una brillante carrera administrativa y judicial. Gobernó el Ayuntamiento, a pesar de dejar hacer a los regidores, de una forma activa y directa, siendo el corregidor que mayor índice de asistencia a los cabildos tuvo, siendo en algunos años superior al 80% de las sesiones. Introdujo como regidor a un hombre de su confianza, Fernández de Santo Domingo, a quien hizo teniente de corregidor hasta diciembre de 1715 en que lo sustituyó por otro regidor, Francisco de Montenegro.
El teniente de corregidor era una figura arraigada en la vida municipal cartagenera, estando ligada por derecho secular y herencia a una familia de regidores, los Mejía. El acercamiento supuesto o real de esta familia al pretendiente de la Casa de Austria durante la Guerra de Sucesión sirvió a la Corona como pretexto para desvincular este oficio municipal del control de los regidores, siendo a partir de ese momento de designación por parte del corregidor de turno. Su principal misión era la de sustituir al corregidor en las ausencias. Mantiene una relación estrecha con el grupo de regidores encabezado por la familia Rivera. Esto se debe inicialmente a que fue necesario reconstruir la organización municipal tras la invasión inglesa y mantener una cohesión interna necesaria en tiempos de guerra. Sin embargo, constatamos que se crean unos hábitos de poder fraudulentos con el fin de recaudar fondos para costear los gastos bélicos y que, al mismo tiempo, compensar al corregidor económicamente por no recibir un sueldo y enriquecen a los poderosos. Fue cesado por estos motivos.
Los fraudes estaban relacionados con la explotación de tierras concejiles, la administración del pósito, la utilización del archivo y el manejo de los caudales públicos. Pablo de Ayuso estuvo al frente de la vida municipal durante ocho años y estableció vínculos muy estrechos en la ciudad y con el grupo de poder, que se mantuvieron durante años a través de negocios, mantenimiento de propiedades particulares (en contra de toda ley) y una correspondencia regular que garantizaba favores mutuos desde los importantes puestos que vino a desempeñar en su carrera administrativa, permitiéndose incluso el lujo de, años después, presidir cabildos por delegación real en momentos de crisis política o de transición de la vida municipal. Los regidores, con motivo de su juicio de residencia el 8 de abril de 1715, lo defendieron con estas encendidas palabras, que denotaban una tendencia a mantener un 'status quo' sumamente beneficioso para su interés.
"Y…teniendo presente lo mucho que se debía a dicho corregidor por el celo con que se aplicó a todo…y desinterés con que practicó todo…". Otros regidores como Pedro Francisco de Torres y José García, menos relacionados con los abusos del poder y partidarios de apoyar el empuje renovador del nuevo corregidor, Miguel de Rueda, se expresaban así con respecto a uno de los aspectos denunciados, el uso particular por los regidores de bienes concejiles: "…no debe esta ciudad permitir dicho tratamiento de tierras sin especial orden de S.M. por ser gravísimo daño y perjuicio de sus vecinos…".
Los negocios realizados en Cartagena durante y después de su dilatado mandato y los problemas detectados en su extenso y complicado juicio de residencia, no fueron obstáculo para que la Corona le encomendase tras su paso por la ciudad otras importantes tareas, llegando a ser alcalde de la Real Audiencia de Sevilla y superintendente general de las Cuentas del Reino. Esto es algo sorprendente, pues durante su mandato como corregidor es sabido que tomaba las cuentas de los arbitrios sin solicitar resguardos y a la ligera. En 1719 es nombrado alcalde de la Casa y Corte del Rey.
Miguel de Rueda. Desde el 27 de enero de 1715. El 29 de enero toma posesión. Mantuvo una relación complicada con los regidores, pues llevaba desde el primer momento la consigna de establecer un nuevo marco de poder en Cartagena, alterando la situación que existió durante la Guerra de Sucesión. Durante su mandato existió incluso un debate dentro del propio Ayuntamiento sobre algo que había supuesto una conquista para la ciudad: la existencia de un corregimiento de letras desvinculado del poder militar. Se debió sin duda a las presiones en este sentido del gobernador militar, Francisco Ibáñez y Lapuente. En ese debate participaron 20 de los 24 regidores del Ayuntamiento, algo insólito en cuanto a número, llegando a votar 7 de ellos a favor de la fusión de nuevo de ambos poderes, entre ellos algunos regidores que formaban parte del estamento militar y estaban en contra de la minoría que regía el municipio. Es el caso de Francisco José Montenegro y Juan de Angeler.
Debemos ver, tras este asunto, un rechazo hacia Miguel de Rueda y, al mismo tiempo, una táctica localista para conseguir que se concentrase en torno al gobernador militar de Cartagena la administración de justicia política que dependía del corregidor de Murcia, por ser capital del Reino. Se contaba para ello con el agravio comparativo de que sí la tenían otras ciudades portuarias como Alicante, Almería, Málaga y Cádiz. El poder central optó en aquel momento por mantener separadas ambas jurisdicciones, ordenándose al gobernador militar que: "…se contenga en los límites de su jurisdicción sin excederse, ni proceder contra reos de la ordinaria, ni en causas cuyo conocimiento a esta le tocan y pertenecen…".
Miguel de Rueda quiso durante su intenso mandato poner fin a los hábitos fraudulentos, hacer asistir a los regidores a las sesiones de Cabildo, respetar las incompatibilidades familiares (que era un asunto sumamente grave en Cartagena), garantizar la puntualidad, hacer guardar los turnos de palabra y mantener el orden municipal. Se caracterizaba por la imposición continua de multas a los regidores, siendo las más usuales de 4 ducados por no asistir a los cabildos, 300 ducados por no guardar los turnos de palabra y 400 por alterar el orden. Fue notoria su enemistad con el poderoso clan familiar de los Rivera, que ostentaba un tercio de las regidurías y contaba con importantes apoyos entre los caballeros veinticuatro.
Durante su corregiduría, concretamente en enero de 1716, fue nombrado un alcalde mayor, Fernando Luis de Ibarra, coincidiendo con la pérdida paralela de poder por parte de los regidores, que aceptan como mas beneficiosa la presencia como único sustituto del teniente de corregidor, ligado a las familias de la ciudad, y el alto porcentaje de ausencias de Rueda (por encima del 50%), castigado física y psicológicamente durante su estancia en la ciudad por la dura oposición de los poderosos a sus intenciones y su enemistad personal con las dos máximas figuras de la familia Rivera: Francisco Martínez-Fortún y José Andrés González de Rivera.
Detectamos, incluso, una grave crisis institucional en 1718, produciéndose un enfrentamiento personal en el Ayuntamiento entre las dos partes, que fue zanjada con la suspensión durante tres meses del corregidor, haciéndose cargo de forma transitoria de la jurisdicción local Pablo de Ayuso como miembro del Consejo Real. Pensamos que este hecho resulta inaudito y del todo infrecuente, comportándose durante su estancia Ayuso como el auténtico protagonista en la sombra de la vida municipal y resultando chocante su talante diametralmente opuesto a la política legalista realizada en los últimos años, caracterizándose incluso por realizar los cabildos en su propia casa, toda una exhibición de lo que había sido y era su relación institucional con la ciudad, por los bienes que había adquirido y la relajación con que administraba lo ajeno y representaba la política centralista de los Borbones.
Martín de Ibarguem Sausolo. Nombrado en 1719 por tres años. Vinculado al poder militar y abogado de los Reales Consejos. Podemos considerarlo como una figura de transición hacia la nueva fusión de las jurisdicciones civil y militar a causa de los enfrentamientos entre Miguel de Rueda y la minoría de regidores que dominaba el municipio, la omnipresencia de Pablo de Ayuso, las irregularidades y fraudes citados anteriormente y la normalización de la plaza militar tras la guerra, lo cual posibilitaba que los militares pudiesen ocuparse con mayor dedicación al corregimiento de letras. Existieron presiones del poder militar para que se aclarase el cobro de impuestos e injerencias del gobernador en el procedimiento de cobro de los arbitrios, llegando incluso a procesar a su todopoderoso, corrupto e incombustible mayordomo, José Bonet, llegando a interferir a favor de éste los dos regidores que ejercían tradicionalmente el papel de conciliadores: José Martínez-Fortún y Pedro Rosique.
Tuvo Martín de Ibarguem problemas con los regidores, porque asumió competencias tradicionalmente reservadas al regidor, que ejercía en ese momento como procurador síndico general (en 1719 Francisco García Angosto, relacionado con la poderosa familia Rivera), como era el nombramiento del alguacil mayor. Sin embargo, pocos meses después de asumir su pesada carga, acabó cediendo al discreto encanto de la aristocracia cartagenera mediante la aceptación como teniente de corregidor de uno de sus más destacados elementos, José Martínez-Fortún de Rivera. Tal fue el nivel de sometimiento en que llegó a incurrir, que fueron frecuentes las intervenciones a favor de la causa del Rey en Cartagena de Juan Magaña, alcalde mayor de la ciudad de Murcia, llegando Martín de Ibarguem a ser suspendido temporalmente de sus funciones. El 10 de junio de 1722 es cesado, uniéndose entonces la jurisdicción civil a la militar de forma definitiva en la persona del Conde Arschot de la Rivière.