Probablemente, uno de los problemas más importantes ligado a los embalses, y a la zona geográfica en la que se encuentran enclavados, sea la colmatación a la que se encuentran sometidos. Algunos de ellos, como el de Valdeinfierno, completamente inutilizado por la acumulación de lodos al poco de ser inaugurado, es un claro ejemplo de ello.
Los materiales finos que llegan a través del sistema de drenaje que recogen sus aguas, se acumulan en las colas de los embalses, facilitando la formación de extensas comunidades vegetales, que realizan un importante papel en la retención y estabilización de esos mismos sedimentos. La realización de obras de recrecimiento de las presas contempladas dentro del plan General de prevención contra las avenidas en la cuenca del segura, como los de Puentes o la Cierva, han supuesto la desaparición, esperamos que temporal, de la profusa vegetación presente en sus colas. Aunque en principio sólo está previsto el aumento de la capacidad de los embalses para el control de avenidas, la realidad confirma que la suelta de agua suele estar impedida por los regantes de la zona, que ven aumentadas las expectativas de ampliación, o de una mejor dotación, de sus regadíos.
En la región de Murcia los embalses tienen como función el control de avenidas y la regulación de caudales para el regadío, y en menor medida la producción hidroeléctrica. Las actividades recreativas, los deportes náuticos, la pesca etc., no suelen ser muy intensas en la mayor parte de ellos, si bien algunos aspectos de éstas, o realizarlos en ciertas épocas, pueden llegar a causar importantes impactos.
El otro gran problema es la eutrofización, el enriquecimiento en nutrientes de sus aguas debido a los aportes naturales y a vertidos de aguas residuales, que provocan la ausencia de oxígeno en las zonas más profundas, liberación de gases con cierta toxicidad, y olores desagradables.
Pero una de las amenazas más preocupantes sobre la fauna acuática en los embalses es la introducción de especies foráneas, intencionada o no, a través de las aguas del trasvase del Tajo o con la finalidad de animar la pesca deportiva. La inconsciencia de tales introducciones ha hecho, y sigue haciendo, un gran daño a las especies autóctonas, que están desapareciendo ante nuestros ojos.
También se deben tener en cuenta las fluctuaciones de los niveles hídricos, que impiden el asentamiento de vegetación en sus orillas, afectando a la fauna que las coloniza, o que se alimenta de ella.
Al ser reguladores de las existencias de agua dulce, los pantanos no sólo no están en peligro, sino que en las últimas décadas han proliferado por la geografía murciana, habiendo sufrido el territorio una transformación general, tanto con la pérdida de los ecosistemas terrestres que supone la inundación, como aguas abajo, con la pérdida de las características propias de un río, al verse regulado su caudal.
Los embalses pertenecen al dominio público hidráulico, no presentando régimen de protección específico alguno, aunque sí las especies de fauna presentes, que han permitido declarar a alguno de ellos APF, Áreas de Protección para la Fauna, como el embalse de Alfonso XIII o del Quípar, Almadenes, etc., y ZEPA, Zona de Especial Protección para las Aves, el de Quípar.