Las siete fases del proyecto SEMCLIMED consisten en:
1. Organización y aspectos administrativos.
2. Elección de modelos climáticos y estudio del comportamiento germinativos de 68 especies bajo diferentes escenarios climáticos simulados en fitotrones.
3. Acciones de conservación ex situ de la flora norteafricana -Marruecos, Túnez y Egipto-.
4. Experiencias de conservación y manejo in situ (restauraciones, reforzamientos, etc.) en especies y hábitats selectos sensibles al cambio climático.
5. Ensayo de técnicas avanzadas de propagación y conservación ex situ, coordinado por la antigua Dirección General del Medio Natural (hoy de Patrimonio Natural y Biodiversidad).
6. Exposición ecoeducativa del medio natural mediante la creación de una red de rocallas de flora endémica y singular mediterránea.
7. Actuaciones de difusión.