La crisis que afectó al Imperio romano a partir del siglo III d.C. se constata también en el comercio: el retraimiento de la vida urbana, la inseguridad de las vías comerciales o la inestabilidad política fueron factores que afectaron al comercio, pero eso no implica que éste desapareciese.
No sólo no desapareció, sino que las excavaciones arqueológicas han atestiguado un auge económico en esta zona a partir del siglo IV, relacionado con la industria del garum, que hizo renacer enclaves comerciales en torno a las poblaciones de Águilas, Mazarrón y Cartagena. Es destacable que Mazarrón estuvo recibiendo garum de Lusitania hasta finales del siglo IIII, época en la que se interrumpe esta ruta comercial, al ponerse en marcha factorías de salazones como la de Puerto de Mazarrón. (PEREZ, 1985:497). Se constata la llegada de vino de la zona oriental del Mediterráneo durante los siglos III-IV d.C., e incluso durante parte del siglo V d.C. Otros contactos comerciales se establecen con la Bética, de donde se recibe aceite en cantidades moderadas.
Sin embargo, es el Norte de África la región del Imperio con la que se documentan las relaciones comerciales más intensas. Durante los siglos III-IV tienen esta procedencia buena parte del material anfórico recuperado en el Puerto del Mazarrón. Ánforas Keay III, procedentes del África bizacena, y que transportaron aceite, o ánforas Keay XI, fabricadas en Tripolitania y que se debieron utilizar también para el almacenamiento de aceite. También se recibe vajilla de mesa, la conocida como sigillata africana y de la que se han recuperado gran cantidad de ejemplos en excavaciones del Puerto de Mazarrón. Todo esto se traduce en la existencia de un floreciente comercio, donde las relaciones con el Norte de África, junto con la industria del salazón, son el eje principal de la economía de esta área. En época Tardoantigua debió actuar como centro redistribuidor de mercancías hacia otros núcleos urbanos, pequeñas poblaciones o villas del interior, considerando la escasa población con la que contaba y el gran volumen de productos recibidos.
El principal producto fabricado en el Puerto de Mazarrón fue el salazón, envasado en las ánforas conocidas como spatheia, producidas en alfares cercanos como los de El Mojón o el de Águilas. En cambio la minería, sin desaparecer, debió quedar como una actividad residual, aprovechándose las antiguas infraestructuras y escoriales de época romana y altomimperial.
