Antes de que se produjera la rebelión militar de julio de 1936 el ambiente anticlerical en España presagiaba tiempos difíciles para la Iglesia católica y sus símbolos externos. En 1933 las cofradías decidieron no sacar las procesiones ante el gran número de iglesias incendiadas en España, pero el Gobierno Central a través del provincial ordenó celebrar las de Málaga, Sevilla y Cartagena, con la condición de llevar la suficiente protección, figurando delante de cada trono un agente de la autoridad de paisano. (AGUERA ROS, 1982: 22). Fueron los inicios de un paréntesis en la inercia del reloj pasionario.
La guerra civil...
Las circunstancias políticas amenazaron la salida de los desfiles de la Semana Santa de 1936, llegándose a la suspensión de éstos tras los sucesos del Jueves Santo. Meses más tarde se produjo la mayor convulsión política y social contemporánea con el estallido de la guerra civil. Los duros enfrentamientos registrados en Cartagena el mencionado Jueves Santo -entre grupos de militancia política rival Alianza Obrera Antifascista y Juventudes Comunistas, por un lado, y Acción Popular junto a destacados falangistas como Fernando Ureña, José Martínez y Martínez de Galinsoga, por otro- fueron la nota dominante en esa Semana Santa. (VICTORIA MORENO, 1990: 487). En abril del 36 los desfiles pasionarios pretendían congregar a miles de penitentes. El grito de ¡abajo las procesiones! sonó reiteradamente en las calles entonado por militantes comunistas. La respuesta no tardó en llegar desde las filas contrarias registrandose una verdadera batalla campal el 10 de abril de 1936.
...y la destrucción de imágenes
La contienda civil, posteriormente, causó numerosos estragos en el patrimonio de las cofradías pasionarias La destrucción de imágenes el 25 de julio de 1936, día de Santiago, fue masiva en Cartagena. El vestuario de la Santa Cena no se había pagado a Teodoro Ketterer, el cual, una vez terminada la contienda, no quiso cobrar su importe. A esto se añadió la destrucción del altar mayor y el retablo de la Iglesia de Santa María de Gracia. La reparación de daños tras el saqueo y despojo ocurrido durante la guerra en el edificio de la ''Pontificia Real e Ilustre Cofradía de Ntro. Padres Jesús en el Paso del Prendimiento'' (junto a la Iglesia de Santa María), se abordó tras la instancia presentada el 27 de enero de 1940 por el hermano mayor Juan Moreno Rebollo al Director General de Regiones Devastadas y Reparaciones. (Expediente de la Comisión Provincial de Regiones Devastadas y Reparaciones de Murcia en Cartagena, año 1940-41; Caja 160, exp.5, fol..30). El objetivo no fue otro que el de reconstruir el inmueble a través de un préstamo del Instituto de Crédito para la Reconstrucción Nacional de 25.275,90 ptas. amortizable en 20 años, previa memoria técnica del arquitecto Joaquín Dicenta Vilaplana.
La imagen del Cristo del Socorro (popularmente conocido como el Cristo Moreno), el Padre de los Pobres, fue igualmente destruida durante la guerra y la Catedral Antigua, donde se veneraba, sufrió daños irreparables quedando solo en pie, notablemente deteriorada, la capilla de la mencionada advocación. Los seis tapices que la Casa Ducal había donado a la Cofradía, sin el hilo de oro, pudieron rescatarse y fueron depositados en la Capitanía General. (Revista General de Marina, julio 1946). Durante todo el periodo bélico una brigada comunista se instaló en la catedral tomándola como cuartel. (PORTELA LÓPEZ, 1946) y (FERRÁNDIZ ARAUJO, 1989). Asimismo sufrió el pasto de las llamas el grupo del Beso de Judas de Salzillo. También fue destruido todo el Grupo de la Pasión, atribuido a Salzillo, de la Cofradía California compuesto por los pasos del titular, la Virgen del Primer Dolor, Oración del Huerto, Ósculo, Santa Cena, San Pedro, Santiago y San Juan, a excepción de los apóstoles dormidos del paso de La Oración del Huerto. La restauración posterior fue encomendada al escultor valenciano Mariano Benlliure. Solamente los tronos, con excepción del de San Pedro, quemado en el Arsenal, pudieron salvarse de la catástrofe al hallarse almacenados fuera de la Iglesia y Cofradía.
El resurgir
El resurgir de las hermandades después de la contienda civil fue un reto que contó con un panorama político y social favorable. Los años de la posguerra en España propiciaron una restauración religiosa totalitaria y triunfalista. Cartagena no fue ajena a la misma. De todo ello se beneficiaron las hermandades penitenciales. Después de la guerra se impuso la reconstrucción del acervo artístico.
Las hermandades intentaron sacar los desfiles en 1940 habilitando algunos pasos con antiguas tallas, como la de la Magdalena, ahora convertida en una nueva imagen de la Virgen del Primer Dolor, restaurada por orden del hermano mayor Juan Moreno Rebollo. Al año siguiente, su sucesor José de la Figuera y Calín, Marqués de Fuente el Sol, cedió una imagen de la Dolorosa, copia de la de Salzillo de Murcia, proveniente de su capilla particular, hasta tanto no fuese adquirida la imagen definitiva en 1946, después de un polémico debate en torno a su aspecto. El Cristo del Prendimiento, encargado a Benlliure, fue entregado en 1942.