Después de la muerte de Peral, ocurrida en Berlín el 22 de mayo de 1895, sus restos fueron trasladados a Madrid y recibidos allí con bastante frialdad. Ese mismo año, surgió desde Cádiz una iniciativa de llevarlos al Panteón de Marinos Ilustres, decisión que nunca se materializó, por decisión de su familia. El cuerpo quedó enterrado en el cementerio de La Almudena.
En cambio, la idea de Manuel Dorda y Mesa, propietario de un periódico local de Cartagena, tuvo otra suerte. Este empresario, seguidor de las hazañas de Peral, sabía del honor que merecía el inventor del submarino, y por eso inició una campaña de prensa solicitando que su ciudad ofreciera digna sepultura al inventor, cuyos restos estaban en situación de abandono.
El Ayuntamiento concedió la solicitud en 1911, y el 11 de noviembre de ese año arribaron a la ciudad los restos del popular inventor, que fueron llevados al Cementerio de Nuestra Señora de los Remedios de Cartagena, con una placa en su honor. Pero no era suficiente, y el mismo Dorda, conocedor de la valía de Peral, se ocupó de que se le erigiera un mausoleo y un monumento en su memoria.
Recuperación del nombre de Peral
Como una verdadera celebridad, Isaac Peral recuperó su fama al multiplicarse en su honor los objetos y lugares con su nombre. En el año de 1889, conocida la noticia del arresto de Peral por orden del ministro de Marina, un grupo de vecino de Los Molinos de Ribera quiso apoyarlo y acompañarlo desde su ciudad natal poniendo el nombre "Barrio de Peral" al grupo de calles que los reunía, y así lo pidió al ayuntamiento. Desde entonces, el conjunto de calles del barrio se reparte con orgullo los nombres de Peral, sus compañeros de dotación y, por supuesto, su invento; además de existir una plaza con el nombre de su mujer.
En el barrio también se añadió, en 1951, un busto del escultor Luis Bolarín, en la Plaza Sánchez Doménech. Más tarde sería sustituido por una escultura de cuerpo entero del inventor.
Por otro lado, ante el legado histórico reunido por toda la marina de Cartagena, se inaugura en 1986 el Museo Naval, con una sala especialmente dedicada a Peral. En ella se exhiben planos del submarino, documentos y objetos personales que ya forman parte del Patrimonio Nacional. También en esa sala se puede apreciar el busto del cartagenero, un óleo del siglo XIX que muestra la construcción del Submarino Peral y el retrato de Peral realizado por el Ferrán.
De especial atracción resulta el único objeto original conservado del interior del submarino, una metopa, que se alberga en la Sala, en la que además se ha querido recrear el despacho que tenía Peral en Madrid, allá por el año 1890.
En la ciudad de Murcia, en el moderno barrio de La Flota, se ha dado el nombre de Isaac Peral al parque, uno de los más grandes de la ciudad.
Homenajes
En su momento de mayor gloria, entre 1888 y 1890, Peral fue objeto de multitud de homenajes, pero estos se fueron diluyendo poco a poco posteriormente a las pruebas del submarino y el abandono del proyecto.
Pasaron muchos años hasta que se le volvieran a realizar homenajes, así en 1917 la Armada Española le da su nombre al primer submarino operativo. Aunque antes, en 1911 el ayuntamiento de Cartagena hizo otro cuando llegaron sus restos a la ciudad que lo vio nacer.
En 1929, en la Exposición Iberoamericana, se dedicó una sala monográfica a Peral y en 1938 el Gobierno de la República realiza una emisión de sellos para el "correo submarino" a la isla de Menoría. En 1988, con motivo del centenario de la botadura del submarino, se realizan nuevas emisiones de sellos y se organiza, el mismo año, una exposición itinerante organizada por el Ministerio de Defensa.
En la actualidad, diversos son los homenajes con que la ciudad rinde honor a Isaac Peral, ya asociado ineludiblemente al submarino. Cada año, el 1 de noviembre, los militares ofrecen un homenaje en el Cementerio, frente al mausoleo, al que se han sumado otras marinas internacionales: en 1928, asiste el Capitán de fragata de la Armada Peruana; en 1929, el Comandante de un crucero alemán y los componentes de 7 escuadrillas de submarinos italianos.
Una celebración única se sumó en el puerto de Cartagena la noche del 30 de octubre de 1993, consistente en una "Naumaquia": más de mil personas se concentraron y participaron en la composición anónima y multitudinaria, haciendo sonar bocinas de barcos, campanas de iglesias, tambores, cañones del ejército de tierra y fuegos artificiales. En el mundo, solo dos veces se han realizado estas naumaquias, la anterior vez en la época barroca. Esta última, del fin del siglo XX, en honor a Peral.