Ya durante los últimos meses de construcción del submarino, asomaron las envidias hacia el inventor, y la atmósfera se cargó de intrigas. En sus viajes a Madrid se apreciaban las trabas a las propuestas de Isaac Peral para avanzar en el resultado. Peral tenía detractores de su invento, que se encargaban de cuestionarlo o desacreditarlo, inexplicablemente.
Ante la notoriedad que cobró Isaac Peral a partir de la botadura, en 1888, estas conductas se hicieron más fuertes, pues el inventor vivía un momento de fama y celebridad. En este contexto, sospechosas fueron las imprudencias que llevaron al robo de los planos por parte de espías extranjeros, y también las acciones de sabotaje que rodearon las pruebas decisivas que se le exigían al submarino para obtener la aprobación de la Marina.
Un nuevo ministro, José María Berenguer, quería evitar la candidatura de Peral a Diputado por el Puerto de Santa María de Cádiz, a la que se presentaría también su hijo. Para muchos, esto explica la insólita oposición a un proyecto clave para la Armada española, en el cual la Reina Regente María Cristina tenía puesta mucha ilusión. En un manifiesto en el que el inventor intentó defenderse más tarde, en 1891, se lamentaba de haber perdido para la causa al anterior ministro Pezuela: "habría encontrado, a no dudarlo, en ese dignísimo y respetable general, todo el apoyo que el caso requería". Lo cierto es que los intrigantes y conspiradores de ese momento pensaron más en sus intereses personales que en el bien del país.
Después de la botadura
La primera gran prueba estaba superada. El submarino ya estaba en el agua y flotaba según todos los cálculos previstos. Ahora comenzaban las pruebas oficiales de su funcionamiento eléctrico y del aparato militar. Éstas se desarrollaron durante 1889 y 1890, dos años llenos de cortapisas y hasta actos de sabotaje.
El submarino de Peral demostró que podía navegar manteniendo su cota con el rumbo definido por su comandante y que podía atacar sin ser visto, cumpliendo así los grandes objetivos para los que había sido diseñado.
Pero las autoridades y algunos militares compañeros de Isaac, comenzaron una campaña de desprestigio, apoyada desde algunos periódicos influyentes, en la que cuestionaban la utilidad del submarino o criticaban su funcionamiento. Durante las pruebas, el aparato fue saboteado en dos oportunidades.
Anulación del proyecto
En septiembre de 1890, el Consejo de la Marina, manifestó que el prototipo presentado por Peral no pasaba de ser una curiosidad técnica sin mayor trascendencia. En un inesperado cambio de actitud, se ordenó detener su construcción y abandonar el proyecto. El 11 de noviembre de 1890, el nuevo ministro Antonio Cánovas del Castillo trasladó a Peral un escrito dejado por su predecesor, en el que se le instaba a entregar al arsenal de la Carraca, bajo inventario, todos los motores y elementos con que contaba el buque construido.
Isaac Peral, desmoralizado y fatigado de tantos meses de lucha, pidió la licencia a la Armada, que le fue concedida rápidamente, el 1 de enero de 1891. Al año siguiente, al submarino se le desmontaron parte de sus equipos, el tubo lanzatorpedos y los motores, quedando el casco vacío en el Arsenal. Sin Peral, no volvieron a construirse en España más submarinos hasta pasados casi 30 años, y el país perdió una ocasión única para emplear un adelanto técnico en el que, ciertamente, se había adelantado frente al resto del mundo.