Frente a la campaña de vilipendio que se había gestado contra la propia persona del inventor, a Peral no le quedó más remedio que intentar defenderse. Pero las fuerzas políticas fueron más fuertes, y ninguno de los grandes periódicos quiso publicar un Manifiesto en el que el autor buscaba limpiar su nombre y dar a conocer a la opinión pública la verdad sobre las pruebas del submarino y la viabilidad del proyecto.
Finalmente, sólo una pequeña publicación satírica, El Matute, aceptó difundir el Manifiesto, pagado del bolsillo de Peral, en 1891. Entristecido, Isaac Peral lamentaba allí tener que abandonar su lugar en la Armada, que él concebía como servicio a la patria. Sin embargo, no consiguió reavivar las conciencias, sólo logró el apoyo de unos cuantos incondicionales. La Administración había ordenado que el submarino fuera desarmado.
Algunos extractos del texto permiten apreciar su profunda decepción:
'Hoy hablo, pues, y hablo con pena, porque desearía que lo que va a leerse no hubiera sido necesario escribirlo, que nada va ganando la patria con ello; hablo además con el dolor profundo de mi alma, al ver trocarse sobre mi pecho la levita azul del marino, por la levita negra del ciudadano (...) ofrecí al Gobierno mis ideas sobre el asunto, sin que me guiase otro móvil, ni haya abrigado nunca otra ambición que la de contribuir al engrandecimiento de mi patria (...) se han cometido verdaderas inconveniencias lamentables y ya irremediables y se me han inferido, pública y oficialmente, agravios, que no creo haber merecido como premio a mis modestos, pero leales servicios (...) no me queda otro recurso que apelar a la conciencia pública, con el doble objeto de que ésta pueda apreciar de parte de quién está la razón, y de advertir a la nación la trascendencia que tendrá forzosamente la ligereza con que se ha procedido en este asunto, sin que esté en mi mano remediarlo, puesto que, desconociéndose hasta los derechos de propiedad que yo hubiera podido asegurar, y que he querido hacerlos efectivos en beneficio del país, debieron al menos ser respetados, se me priva de los medios de realizar mis ideas por no quererme someter al camino que se me trazaba, completamente absurdo, como probaré...'.