El 6 de marzo de 1889, seis meses después de la botadura, dieron comienzo las pruebas oficiales del submarino de Peral, que sería examinado de cerca por la Junta de Expertos de Marina. Las primeras pruebas consistían en la navegación en superficie, en las que la nave debía demostrar que podía moverse según el gobierno de su Comandante, además del funcionamiento correcto de las hélices y los motores.
Estas pruebas se repitieron, y a pesar de que hubo que efectuar unas reparaciones de motor, el buque navegó correctamente por la bahía de Cádiz, demostrando su cualidad para moverse según los requerimientos.
El 7 de agosto se realizó la prueba de inmersión en el dique Nº 2 del Arsenal, en la que además de mostrar el éxito del aparato de profundidades, que era el corazón del invento de Peral, el submarino dejó claro que la dotación estaba segura dentro de él.
Durante estos exámenes oficiales, en los que ya se colaban las intrigas y enemistades, Peral tuvo que soportar injurias y falsedades sobre los resultados alcanzados, que tenían el fin de perjudicar su proyecto y dejarlo a un lado. A pesar de su fama, o tal vez a causa de ésta, el inventor fue víctima de las envidias que llevaron, finalmente, a acabar con su invento. Los propios hombres que acompañaban al inventor se indignaron y salieron a defenderlo.
Las pruebas, aun admitiendo algunos fallos el propio Peral, eran rotundas, y no había argumentos para detener la fabricación del arma submarina. Llegó el día de la demostración del torpedero, clave en este invento. El 25 de agosto disparó con éxito un torpedo sin cabeza de combate. Más tarde debería probar su capacidad de impacto en un blanco.
El 30 de noviembre, el submarino se sumergió hasta la torreta y el 5 de diciembre hasta 7,5 metros durante diez minutos, para realizar días más tarde la primera inmersión no estática sino navegando. Lo hizo a 9 metros de profundidad.
Casi medio año después vendría la primera prueba oficial de navegación submarina, cuando el 7 de junio de 1890 el submarino se condujo una hora bajo el agua. Superados estos retos, por esos días llegó también la hora del ataque simulado al crucero "Colón". Se hicieron dos pruebas: una diurna en la que no consiguió dar en el blanco (era avistado por el objetivo, por lo que este aparente fallo no debía desprestigiar la capacidad del arma submarina); y otra nocturna, en la que sí logró atacar con éxito al "Colón". Las pruebas más significativas eran, de este modo, concluyentes y positivas.
Un revés inesperado
A pesar del éxito con que se iban superando los retos del invento, inexplicablemente, en septiembre de 1890, la Junta que lo juzgaba emitió un informe crítico. En él se decía que la velocidad y la autonomía de la nave eran inferiores a lo esperado, que el combate diurno había fracasado y esto desmerecía la novedad aportada por Peral, y se cuestionaba el funcionamiento de los motores.
Con todo, se concluía que podía seguirse adelante con la construcción, pero poniendo gran cantidad de limitaciones. Entonces Isaac Peral impone sus condiciones, que no son aceptadas y se toman como "declinación del encargo". A partir de este momento, se ordenaría desmontar los aparatos y motores del submarino, que quedaría arrumbado en un rincón del arsenal de la Carraca. Como último gesto, la Marina le concedió la medalla del Mérito Naval con distintivo rojo por la valentía con que asumió las pruebas.
