Cuando en 1875, Isaac Peral fue nombrado profesor de guardiamarinas, este ingeniero naval tuvo la oportunidad de sacar partido a las observaciones y estudios que había ido sumando a lo largo de su carrera militar. No empezarían allí sus reflexiones ni sus inquietudes, pero sí sería el momento de desarrollarlas. Así, recopilando todas las ideas que le habían ido suscitando, Peral publicó su primer escrito, el 'Tratado teórico-práctico sobre los huracanes'. Por este trabajo científico le fue otorgada la Cruz de Primera Clase de la Orden del Mérito Naval en 1877.
Ese mismo año empezaría a alternar los viajes con las reflexiones y descubrimientos que lo absorbían. En el Observatorio de San Fernando comenzó el Curso de Estudios Superiores en el que, durante cuatro años, recibió clases de Matemáticas, Geografía, Física, Ingeniería Naval y Electricidad. Sobre esta última materia, Peral puso especial interés y su maestro fue José Luis Díez, quien comenzaba a dominar lo que hasta hacía poco se consideraba un "fluido que quemaba y no podía ser ponderado". Pero en San Fernando, el maestro y amigo Díez empezaba a colaborar con Peral en sus ideas de un torpedero sumergible en cuyo funcionamiento la electricidad era la clave.
Más tarde cayó gravemente enfermo en Filipinas al volver Peral a sus misiones navales, cuando un barbero le cortó por accidente una verruga en la sien. Esto fue motivo, sin embargo, para que Isaac retornara definitivamente a sus intereses científicos y docentes. El 8 de diciembre de 1882 volvió a Cádiz y en 1883 ocupó la cátedra de profesor de Física y Matemáticas en la Escuela de Ampliación de Estudios de la Armada, al tiempo que continuaba sus estudios. Pese a la adversidad, Peral encontró en esta etapa un contexto idóneo para desarrollar sus hallazgos y concretarlos en lo que sería su gran invento, el primer submarino torpedero y el primero en ser propulsado eléctricamente.
El invento del submarino
Apenas algunos compañeros de la Escuela conocían sus planos y estudios sobre un submarino. Peral se había convertido en un experto en acumuladores eléctricos y estaba trabajando en la aplicación de este sistema para desarrollar una máquina de ataque militar en inmersión. Esos escritos permanecían guardados desde 1884, pero el incidente de las Islas Carolinas fue el detonante para darlos a conocer. En 1885, el acorazado alemán 'Iltis' entraba en esas islas, entonces propiedad de España, con intención de apoderarse de ellas; y Peral, imbuido de espíritu patriota, vio que su invento podía salvar al país en caso de llegar a la guerra. Finalmente, el conflicto se zanjó de manera diplomática, pero el proyecto ya había llegado a oídos del ministro de Marina, Almirante Pezuela. Conocidos los planos y defendidas las objeciones ante una Junta Técnica, el apoyo del Ministerio fue rotundo. Así, en 1886 se iniciaba la construcción de su gran sueño. Tras muchos viajes y pruebas, el submarino estuvo listo ante el público el 8 de septiembre de 1888, en que se botó en el Arsenal de la Carraca (Cádiz). Se cumplía la etapa más grande de Peral como científico, la que lo consagraba como inventor. Se trataba de una nave fusiforme, de acero, con 22 metros de eslora. Propulsada por baterías eléctricas, llevaba la solución para mantenerla en cota o en la inclinación adecuada gracias a un novedoso 'aparato de profundidades' ideado por Peral, a partir de un doble sistema de hélices.
La de Peral no era la primera nave submarina; tampoco era la primera vez que se empleaba la electricidad en ella, aunque sí en España. La principal novedad de su invento fue, sin embargo, alcanzar una propulsión eléctrica prolongada durante largo tiempo y el incluir un tubo torpedero recargable desde el interior. A la vez, se sumaban otra cantidad de soluciones con las que el ingenioso científico Peral resolvía por primera vez en la Historia de la navegación submarina. Por ejemplo, el introducir un periscopio con corredera eléctrica, conseguir regenerar el aire por medio de un motor también eléctrico.
Sin embargo, y a pesar del éxito del emprendimiento, Isaac tuvo que hacer frente a una serie de injurias y polémicas que cerraron para España la posibilidad de contar con el arma más poderosa en esa época. En 1890, el Consejo de la Marina decretaba que el proyecto era inviable. En sólo cinco años, el país había asistido al nacimiento y muerte de un gran proyecto y una gran ilusión.
Nuevas iniciativas científicas de Peral
Decepcionado, Peral pidió la licencia absoluta de la Marina, que le fue concedida el 5 de enero de 1891. Trabajó un tiempo para una empresa alemana de electricidad, pero un renovado empuje lo decidió a crear su emprendimiento personal, la compañía 'Centro Industrial y de Consultas Electro-Mecánicas', y más tarde la 'Electra Peral-Zaragozana'. Desde ellas, el científico Isaac prosiguió poniendo sus conocimientos en práctica, con nuevos e ingeniosos inventos, como un ascensor eléctrico y el prototipo de la ametralladora eléctrica, que fue usada después en la Primera Guerra Mundial. También había dejado trazadas en España varias centrales eléctricas y sus inventos eran solicitados desde el extranjero. Lo que nunca pareció morir en él fue la ilusión y el esfuerzo, que le permitieron superar dificultades y convertir en proyectos reales sus muchas ideas. Como un verdadero científico, Isaac Peral se abocaba con profunda dedicación a resolver los retos que le planteaba su vida práctica y también su historia personal.