A los 14 años, Isaac Peral entró como aspirante de Marina en el Colegio Naval Militar de San Carlos (Cádiz) en 1865. Dos años más tarde, se convertía en guardiamarina de segunda, comenzando aquí sus periplos navales como parte de la Real Armada Española. El primero de sus destinos fue embarcarse en la corbeta 'Villa de Bilbao', con la que pasó más de seis meses desembarcando y embarcando por diversas tierras, desde Filipinas y Marruecos hasta Antillas y Cuba, entre otros. En su puesto de gurdiamarina obtuvo las más altas referencias de sus comandantes, con lo que pasó a la primera categoría de su cargo. En 1869, Isaac continuaba los viajes como Alférez de Navío y llegaría a ser Teniente de Navío en 1880, un cargo más que el de Alférez.
Participación en contiendas militares
Como marino, Peral llegó a sumar 16 años de servicio y 1.318 días en el mar. Algunos de esos destinos incluyeron contiendas militares, como en Cuba en 1872. Había partido en el buque 'Comillas' para sofocar una insurrección anticolonial de la isla. Supo al llegar que su padre había muerto en combate en esa posesión española y cuentan que él mismo se enfrentó con espada a un ciudadano cubano que había insultado a su Patria. Dos años más tarde regresó de la isla a bordo del cañonero 'El Dardo', habiendo conquistado la Cruz del Mérito Naval con distintivo rojo por el valor demostrado.
Al regresar a España, fue enviado a combatir en la Tercera Guerra Carlista, en un intento de poner a su candidato en el trono español. Así, en 1875 se embarcaba en la goleta 'Sirena' con rumbo al Mar Cantábrico, participando en el bloqueo y bombardeo de Elanchove y Bermeo. Estas luchas peninsulares también le valieron a Peral el reconocimiento de sus superiores por su valentía. Terminada la guerra, Isaac Peral fue nombrado instructor de guardiamarinas en la fragata 'Blanca' y en la 'Numancia'. Con esa experiencia docente que se iniciaba en 1875, Peral demostraría una vocación profunda por el saber y la investigación sería el centro de sus actividades a partir de 1882 cuando, debido a la enfermedad, debió abandonar sus misiones navales y asentarse en Cádiz.
Su último viaje como marino
Acabada su participación en las diferentes contiendas militares y siendo también instructor, Peral proseguiría un tiempo más con sus misiones navales. Nombrado en 1880 Teniente de Navío, fue destinado a Cartagena para embarcarse poco después rumbo a Filipinas, que sería su último destino. Su misión allí no era fácil, pues se trataba de un territorio hostil y bastante desconocido, pero consiguió avanzar en la cartografía de las islas y estar al mando del cañonero de Cavite, ciudad en el puerto de Filipinas, realizando misiones de vigilancia y control. Asimismo, en Filipinas fue jefe del Detalle de Ingenieros y miembro de la Comisión Hidrográfica. Sin embargo, durante esa estancia un barbero le realizó un corte accidental, pero muy profundo, en una verruga de la sien izquierda. La herida fue de tal consideración, que era muy difícil mantenerla curada y obligaba a Peral a colocarse continuamente vendas y curas. Lo cierto es que ese corte, en apariencia insignificante, sería el origen de un tumor cerebral que le produciría la muerte en 1885, a los 44 años. En 1882, encontrándose gravemente enfermo, Peral retornó a España y fue destinado al Observatorio de San Fernando como profesor de Física y Química en la Escuela de Ampliación de Estudios de la Armada. En sus 16 años de marino, había prestado servicio en 32 buques diferentes.
