Pedro Fajardo Quesada era hijo de Alonso Yáñez Fajardo II y María de Quesada. Alonso Yánez había protagonizado las conocidas luchas de Manueles y Fajardos años antes, dejando a su dinastía en posición privilegiada en el reparto de territorios en Murcia.
Un sobrino de Alonso Yáñez, también llamado Alonso, había sido nombrado alcaide de Lorca. El primo de este Alonso ¿el Bravo¿ fue nombrado, tras la muerte de su padre, Adelantado de Murcia por el rey Juan II, siendo aún un niño bajo la custodia de su madre María de Quesada. Alonso el Bravo quiso aprovechar la minoría de edad y tutoría de Pedro Fajardo para intentar arrebatarle su título y posesiones.
El intento de Alonso pasó por cargar militarmente contra Murcia, lo que obligó a huir a Pedro con su familia y partidarios a Molina Seca (Molina de Segura), resistiendo en ella un cerco de seis años que concluyó cuando el infante Enrique obligó a Alonso a abandonar sus intenciones. Pero la tregua firmada en la iglesia de Santa María de Molina se rompería en 1447, momento en el que Pedro Fajardo defiende Molina del ataque insistente de su primo el Bravo.
En este panorama de luchas internas y desestabilización del gobierno de Murcia se viene a sumar las continuas acometidas de las fuerzas moras granadinas, que campan por sus respetos por territorio murciano en continuas razzias y asaltos. Durante la famosa batalla de Los Alporchones, sumarían tropas Alonso el Bravo y el Concejo de Murcia mientras que Pedro Fajardo quedaría en Molina a la expectativa.
Ya coronado Enrique IV como rey, Pedro se ganaría su favor acusando a su primo de mantener fuerzas moras en la fortaleza lorquina, el orgullo de Alonso le haría perder sus territorios de Lorca y Caravaca. Pedro ganaría el condado de Cartagena.