Ante las luchas en Castilla entre Enrique IV y el aspirante al trono Alfonso, Pedro Fajardo apoya al príncipe, se intenta mantener al margen de las luchas castellanas y se ocupa de fortalecer su poder en Murcia, evitando incluso pagar impuestos a Castilla y, al mismo tiempo, trabando lazos con el rey aragonés Juan II.
Tras la muerte de Alfonso es Isabel la aspirante al trono, tras la muerte de Enrique IV la disputa queda entre Isabel y Juana la Beltraneja. El marquesado de Villena apoyaría a Juana y Pedro Fajardo se implicaría en la lucha y, aún con fuerzas inferiores, demostraría su habilidad militar derrotando al Marqués de Villena y favoreciendo a los futuros Reyes Católicos.
Una escaramuza contra los moros granadinos en Caravaca afianza la leyenda de guerrero de Fajardo que, tras un desafío, se enfrenta en una justa al lugarteniente moro Zatorre. Fajardo vence la justa en una sola envestida y las tropas granadinas abandonan Caravaca.
Pedro Fajardo perdería a su único hijo varón y, tras recibir en 1477 de las manos de los Reyes Católicos Cartagena, aceptaría el matrimonio de su hija Luisa con Juan Chacón, quedando ella como heredera y Chacón obligado a que su descendencia siguiera perpetuando el nombre de los Fajardo. Pedro fajardo y Chacón sería el primer Marqués de los Vélez.
Pedro Fajardo moriría en Murcia, el 30 de diciembre de 1482.
