Encontramos diferentes comunidades vegetales. Así, sobre los arenales de Lo Poyo, Las Amoladeras y el Carmolí crecen la azucena de mar y el cuernecillo de mar. En los saladares aparecen las salicornias, las sosas, las siemprevivas, los juncos y el taray. En la Marina del Carmolí se asienta una estepa salina de gran interés dominada por el albardín, junto con otras gramíneas y algunos ejemplares de taray. En los cabezos e islas aparecen diversas comunidades de matorrales mediterráneos adaptados a las elevadas temperaturas y escasas precipitaciones, con especies como el araar o sabina mora, el palmito, el arto, el cornical, el lentisco y diferentes especies de jara.
Una de las peculiaridades del mar interior es la vegetación que se asienta sobre los substratos blandos, esto es, fango y arenas. La mayor parte de ellos están cubiertos por praderas de clorofíceas, fanerógamas adaptadas a la vida marina.
Las finas arenas existentes en el fondo de la laguna no desarrollan grandes masas de vegetación pero acogen a una de las especies más conocidas: el langostino del Mar Menor. Es un típico habitante de los fondos arenosos de La Manga, además de ser objeto de una importante pesquería debido a su alto valor comercial. También destaca la presencia del caballito de mar y el fartet, pez endémico del litoral levantino.
Pero las aves son el grupo faunístico mejor representado, pues este enclave es de vital importancia para muchas especies de aves acuáticas que encuentran aquí lugar de descanso en sus pasos migratorios, un lugar de cría en época de reproducción o un sitio donde habitar permanentemente. Podemos ver chorlitejos patinegros, cigüeñuelas, archibebe común, charrancito, gaviota de Audouin, flamenco, tarro blanco, garceta común, etc.
Espacios naturales de interés
Playa de la Hita
Esta playa es un Espacio Protegido caracterizado por pequeños humedales y abundante vegetación que cubre este tramo de la costa.
Monte Carmolí
Se trata de un viejo volcán de andesita surgido en la misma erupción que el resto de las islas del Mar Menor. Tiene unos 111 m de altura y en sus laderas podemos contemplar las características formaciones rocosas y una vegetación autóctona compuesta por ejemplares como el palmito y abundantes plantas aromáticas, así como espectaculares vistas desde su cima que permiten divisar toda la laguna.
Islas del Mar Menor
Las cinco islas que forman este Paisaje Protegido han sufrido numerosos usos, que han explotado en mayor o menor medida sus recursos naturales.
La isla del Barón o Mayor: de 104 m de altura, es la más grande. Se encuentra en el centro de la laguna, y es la mejor conservada.
La isla Perdiguera: tiene una altura de 45 m y hasta ella llegan numerosas embarcaciones de recreo, por lo que cuenta con infraestructura turística y un sendero que permite un recorrido completo a su perímetro.
La isla del Ciervo: está unida por un brazo artificial a La Manga.
La isla Sujeto e isla Redonda: próximas a La Manga, son las más pequeñas y constituyen un importante centro de nidificación de aves.
