Murcia

El pequeño corpus científico del médico Zapata no está dentro de las obras científicas más reconocidas de la época, si bien los aportes de sus libros ofrecen datos muy importantes a la hora de comprender la profesión médica del momento, sobre todo en el ámbito práctico, y el estado de las cuestiones científicas en la sociedad médica de esta época moderna.

La estrecha relación de Zapata con algunos ilustres personajes de la nobleza española muestran a las claras su pericia como médico. Entre sus pacientes se encontraban los cardenales Portocarrero y Borja, el Duque de Medinaceli e incluso el Duque de Alba que, antes de fallecer en París, solicitó la asistencia de Zapata.

La obra de Zapata se distinguió siempre por su ánimo polemista, como también lo hicieron las réplicas y respuestas que recibió de algunos de sus colegas que no dudaban en mencionar su estado de judío converso o, incluso, las marcas físicas que una enfermedad había dejado en su cuerpo, con detalles zafios e insultantes. Para muchos investigadores esta situación vital de degradación social debió animar muchas de las polémicas científicas del médico murciano.

Biblioteca de seiscientos volúmenes

El médico Zapata conservó un gran estimuló por la lectura de obras científica, en el catálogo de obras de su biblioteca, durante el embargo de sus bienes por la Inquisición, se contabilizaron unos seiscientos volúmenes.

Sin embargo, el médico murciano, desde el punto de vista científico, defendió a ultranza en sus primeros años como facultativo las teorías galenistas, basadas en los antiguos escritos de Galeno e Hipócrates. Sus ideas las publicó en su obra  de 1690 Verdadera apología de la Medicina racional, ideas que le valieron la enemistad con los defensores de las nuevas ideas, como Gazzola y Juan de Cabriada, especialmente de las referidas a la circulación sanguínea expuestas por Harvey y que Zapata, basándose en su experiencia personal, rechazaba. Y en este punto debemos entender que las teorías médicas de la época quedaban aún muy alejadas de los profundos conocimientos químicos  y anatómicos de hoy día.

Verdadera apología de la Medicina racional

Pero las primeras polémicas, a través de obras como Verdadera apología de la Medicina racional, se tornaron con los años en admisión de los nuevos planteamientos médicos. Y en 1701, siendo ya miembro de la Regia Sociedad de Sevilla, publica disertaciones en este sentido, como Crisis médica sobre el antimonio, una obra en la que apostaba vivamente por la utilización de los remedios químicos, algo a lo que se oponían los galenistas.

En 1716 publicaba Diálogos filosóficos en defensa del atomismo del teólogo Alejandro de Avendaño, donde defendía las nuevas corrientes filosóficas y abogaba por prescindir de los elementos aristotélicos que mantenían buena parte del pensamiento filosófico y científico.

Para el año de su muerte, 1745, quedaba inconclusa otra de sus obras contrarias a las ideas aristotélicas, Ocaso de las formas aristotélicas que, tras su muerte, sería publicada a varios idiomas y prohibida por la Inquisición, que la colocaría en el "index" de libros prohibidos.