La singularidad de esta laguna ha propiciado la conservación idónea de espacios de gran interés en todo el perímetro de su costa salpicada de playas y zonas rocosas. Entre ellos destacan los siguientes Espacios Naturales y Paisajes Protegidos:
Parque Regional de las Salinas y Arenales de San Pedro del Pinatar
Este espacio de salinas y dunas de 800 hectáreas de superficie, constituye un paraje con diversos ecosistemas, tanto terrestres como acuáticos, de alto valor medioambiental.
Se trata de un refugio de aves, tanto migratorias como autóctonas, con una abundante flora sobre los arenales que separan esta laguna del Mar Mediterráneo.
Playa de la Hita
Esta playa es un Espacio Protegido caracterizado por pequeños humedales y abundante vegetación que cubre este tramo de la costa.
Monte Carmolí
Con 111 metros, es un viejo volcán de andesita surgido en la misma erupción que el resto de las islas del Mar Menor. En sus laderas podemos contemplar las características formaciones rocosas y una vegetación autóctona como el palmito o plantas aromáticas, así como espectaculares vistas desde su cima que permiten divisar toda la laguna.
Islas del Mar Menor
Las cinco islas que forman este Paisaje Protregido han sufrido numerosos usos, que han explotado en mayor o menor medida sus recursos naturales.
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La Isla del Barón o Mayor: de 104 metros de altura, es la más grande. Se encuentra en el centro de la Laguna, y es la mejor conservada por tratarse de una propiedad privada.
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La Isla Perdiguera: tiene una altura de 45 metros y hasta ella llegan numerosas embarcaciones de recreo, por lo que cuenta con infraestructura turística y un sendero que permite un recorrido completo a su perímetro.
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La Isla del Ciervo: está unida por un brazo artificial a La Manga.
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La Isla Sujeto e Isla Redonda: próximas a La Manga, son las más pequeñas y constituyen un importante centro de nidificación de aves.
