En cuanto a figuras de protección que ostentan los humedales podemos decir que existen dos ámbitos de protección, el regional y el internacional, derivados directamente del origen de su normativa. En un primer momento y tras la aprobación de la Ley 4/1992, de 30 de julio, de Ordenación y Protección del Territorio de la Región de Murcia, nos encontramos con que 25 humedales inventariados, aproximadamente una cuarta parte, forman parte de algunos de los espacios protegidos en distintas categorías. El resultado es que contamos con cinco Parques Regionales que incluyen un total de ocho humedales, cinco Paisajes Protegidos con 13 humedales en total, una Reserva Natural que alberga dos humedales y, entre los espacios naturales protegidos sin figura asignada, encontramos un enclave con dos humedales.
Además, muchos de los humedales de la Región de Murcia están incluidos en lugares propuestos para formar parte de la Red Natura 2000 integrada por LIC (Lugares de Importancia Comunitaria) y ZEPA (Zonas de Especial Protección para las Aves). La designación de gran parte de ellos como LIC responde a la importancia que estos ecosistemas tienen dentro de la estrategia de conservación de los hábitats naturales de Europa. En la actualidad 35 humedales se encuentran en ámbito LIC, entre ellos figuran el espacio del Mar Menor, las salinas litorales, los saladares del Guadalentín y el humedal de Ajauque.
En cuanto a los humedales integrados en zonas ZEPA hay un total de 41 enclaves. Por su importancia destaca especialmente el Mar Menor, las salinas de San Pedro del Pinatar y el humedal de Ajauque y Rambla Salada.
Acuerdos Internacionales
En cuanto al panorama internacional no podemos olvidar acuerdos internacionales tan importantes para la conservación de los humedales como el Convenio de Ramsar. En su lista de Humedales de Importancia Internacional figura, desde 1994, el Mar Menor, incluyendo un conjunto de ocho humedales inventariados que abarcan un área de 15.000 hectáreas pertenecientes a los términos municipales de San Pedro del Pinatar, San Javier, Cartagena y Los Alcázares.
Otro tratado internacional, el Convenio de Barcelona o Convenio para la Protección del Mar Mediterráneo contra la Contaminación, a través de su Protocolo sobre Zonas Especialmente Protegidas y la Diversidad Biológica en el Mediterráneo, ha propiciado la designación del área del Mar Menor y zona oriental mediterránea de la costa de la Región de Murcia como "Zona Especialmente Protegida de Importancia para el Mediterráneo (ZEPIM)". Se trata de zonas formadas por lugares protegidos que puedan desempeñar una función importante en la conservación de la diversidad biológica del Mediterráneo, que contengan ecosistemas típicos mediterráneos o hábitats de especies en peligro que tengan un interés especial desde el punto de vista científico, estético o cultural. Su objetivo principal es salvaguardar los tipos representativos de ecosistemas costeros y marinos, así como fomentar el desarrollo sostenible de la zona.