La Guerra Civil modificaría los planes del González Moreno, la realidad iconoclasta de aquellos años y la destrucción de algunas obras de arte lo moverían a colaborar en la Junta de Recogida del tesoro Artístico Murciano, promovida por el Museo de Bellas Artes de Murcia y su director Sánchez Picazo. El escultor se dedicaría a la restauración de valiosas piezas de ilustres escultores como Salzillo o Bussy hasta ser movilizado en 1938 por el ejército republicano.
En 1939, y tras el final de la contienda, situaría su taller en la casa parroquial de la calle Isabel la Católica, y en 1941 concluía sus estudios en San Fernando. En 1942 expondría en Madrid y en Briosca, tras lo que recibiría el premio regional de pintura y escultura.
Homenajes y premios
Durante el año 1946 recibía el premio de escultura Francisco Salzillo, otorgado por la diputación de Murcia. Entre 1948 y 1949 sería becado para trasladarse a Italia y ampliar su formación y en 1952 participaría en una bienal Hispanoamericana tras la que volvería a Italia, esta vez a Roma. Visitó París en 1955, interesado en conocer las nuevas corrientes de la escultura francesa.
En 1959 ingresaría como académico en la escuela de San Fernando. Años después, en 1963, era nombrado director de la escuela de Artes Aplicadas y Oficios de Murcia, cargo que ocuparía hasta su jubilación en 1978.
El final de los años setenta corresponde a toda una serie de exposiciones y retrospectivas de su obra, en 1979 es Chys quien ofrece una muestra de la obra de González Moreno, mientras que el Palacio del Almudí la ofrecería en 1989.
Tras la evidente consagración de su obra y el aplauso y homenaje de compañeros e instituciones, Juan González Moreno fallecía en Murcia el 10 de enero de 1996, pasando a formar parte de la historia más brillante del arte en Murcia.