Durante el año 713, dos años después de la invasión musulmana de la Península Ibérica, el sureste había pasado a formar parte de al-Ándalus tras el Pacto de Tudmir. Este tratado de capitulación entre el musulmán Musa y el visigodo Teodomiro, señor de la región levantina, aseguraba la paz entre los dos pueblos, protección para el rey visigodo y sus seguidores, respeto de propiedades, seguridad y libertad religiosa. Pero, a cambio, el sureste y levante peninsulares pagarían un impuesto a los nuevos dueños y entregarían siete ciudades: Orihuela, Mula, Lorca, Begastri (a escasos metros de la actual Cehegín), Alicante, Iyyuh (que aún no ha sido identificada) y Elche. A partir de ese momento, la zona del sureste peninsular pasaría a denominarse Cora de Tudmir (deformación del nombre de Teodomiro), abarcando un extenso territorio que sería controlado por Madina Mursiya, la capital fundada entre los años 825 y 831 por Abd al-Rahmán II, origen de la actual ciudad de Murcia.
Al igual que sucedió en la totalidad de al-Ándalus, el período califal supuso para Murcia una época estable y próspera, pero el desmembramiento en los Reinos de Taifas hizo que la Cora de Tudmir finalmente se convirtiera en una taifa independiente bajo el control de la familia Banu Tahir, amantes de ejercer una política prudente en los ámbitos de hacienda, justicia, economía, ejército y cultura.
Durante los siglos XI, XII y XIII una espléndida actividad cultural florece en Murcia, continuando tras la llegada de Alfonso X El Sabio a la capital del Segura. Destacan personajes ilustres de la filosofía y el pensamiento como Ibn Sabín y al-Ricotí, así como Ibn al-Arabí, más conocido como Abenarabi. En una Península Ibérica tan dividida era frecuente que las rencillas, codicia y desconfianza entre reinos derivaran en problemas de gobierno. De esta forma, en 1078, Murcia quedaría bajo el dominio de Sevilla, instalándose en el poder un hombre de confianza de los gobernantes sevillanos: Ibn Rasiq.
Invasiones del norte de África
Tras un período de debilidad musulmana ante el avance de la Reconquista cristiana, en el año 1091 llegaron a la Península los almorávides, que lograron unificar de nuevo al-Ándalus. Pero en la primera mitad del siglo XII el Imperio Almorávide se descompone en los II Reinos de Taifas, debido a la crisis política derivada de la lucha entre árabes y beréberes por alcanzar el poder. Mientras esto sucedía, en el norte de África la secta integrista de los almohades protagonizaba una rebelión y arrebataba el poder a los almorávides, cruzando el estrecho de Gibraltar en el año 1147 con la intención de unificar al-Ándalus y detener la reconquista cristiana.
Es en este período cuando salta al ruedo de la historia medieval española una figura controvertida e inevitablemente ligada a Murcia: Ibn Mardanish, conocido por los cronistas cristianos como Rey Lobo, lidera la resistencia frente al Imperio Almohade entre los años 1147 y 1172, quedando como soberano independiente de Murcia y de todo el levante español. Para ello no dudó en establecer alianzas con los cristianos, apoyándose en un ejército de mercenarios castellanos y aragoneses.
El Rey Lobo apostó por la ortodoxia musulmana y la defensa de la unidad de los hispanomusulmanes bajo la soberanía del Califa de Bagdad, oponiéndose a la doctrina almohade. Su política independiente le convirtió en representante de un nacionalismo andalusí, que fue constante durante las segundas y terceras taifas, coincidentes con los períodos finales de los imperios almorávide y almohade, respectivamente. Tras veinticinco años de esplendor en los que convirtió a Murcia en un centro político y cultural equiparable a las principales ciudades islámicas del momento, Ibn Mardanish fue derrotado por los almohades, muriendo en la capital del Segura en 1172.
Sin embargo, con la muerte del mítico Rey Lobo no llegó la rendición definitiva de Murcia, ya que en 1228 estalló una revuelta encabezada por Ibn Hud al-Mutawakkil cuyo liderazgo aceptaría la mayoría de ciudades, desligándose de este modo del gobierno almohade. Tras 10 años en el poder, Ibn Hud fue asesinado en 1238 en Almería, posiblemente traicionado. Aunque su desaparición no fue óbice para que sus sucesores mantuvieran la línea de resistencia frente a otros aspirantes al reino, tan sólo cinco años después, en 1243, Hasan Ibn Hud, descendiente de Ibn Hud al-Mutawakkil y último rey árabe de Murcia, firma con el rey castellano Fernando III el Santo el Tratado de Alcaraz, para la capitulación del Reino de Murcia: ¿la ciudad de Murcia e todos sus castillos, que son desde Alicante fasta Lorca e fasta Chinchilla?, se hacía así vasallo de Castilla. No obstante, la política de Alfonso X El Sabio pretendía castellanizar el territorio, circunstancia que diezmó en gran medida la paz con los pobladores musulmanes que aún vivían en la región. En 1264 se produjo una revuelta mudéjar generalizada en Murcia y Andalucía que, tras dos años de lucha, fue sofocada definitivamente, pasando Murcia a manos cristianas.
