El Enterramiento
El Abrigo del Milano es uno de los pocos que ha conservado junto a las pinturas, restos materiales de hábitat. Se trata de varios enterramientos, localizados en el abrigo II, entre ellos uno colectivo que cronológicamente se han situado en un momento de transición del Neolítico al Eneolítico, y en los que el carbono 14 ha aportado una fecha cercana al 3235 a.C. No está claro si los enterramientos son cronológicamente contemporáneos de las pinturas conservadas en el abrigo contiguo. Las representaciones del estilo levantino, aunque tienen una larga perduración en el tiempo son anteriores a los enterramientos excavados. Es posible que pudieran ser contemporáneos a las representaciones esquemáticas ya que le fecha de las inhumaciones parecen estar dentro del período en el que se desarrolla el llamado arte esquemático.
El enterramiento colectivo
De todas las inhumaciones excavadas en el Milano destaca el gran enterramiento colectivo. Se trata de un pequeño recinto de planta ligeramente oval, que había permanecido intacto hasta el momento de su excavación. Los límites de la fosa están marcados por un cerco de piedras de mediano tamaño, marcando el contorno del enterramiento y adaptándose a la planta del abrigo. El suelo del abrigo fue apisonado y nivelado como primer paso para la realización del enterramiento; dispusieron lajas de piedra en el suelo formando un espacio de 1,40 cm de longitud por 80 cms de anchura.
La tumba, una vez dispuesto los cadáveres, fue sellada mediante un encachado de pequeñas piedras. A su alrededor colocaron otras piedras hasta conseguir una superficie regularizada y camuflada. El mal estado de conservación de los restos, con el agravante de que buena parte de ellos presentan señales de calcinación parcial, así como su antigüedad, son factores que dificultan el análisis de los restos óseos. Sin embargo, en el reducido espacio de la tumba, poco más de un metro cuadrado, se colocaron no menos de cinco individuos, aunque bien pudieron ser siete u ocho. Los individuos fueron depositados en posición fetal, todos ellos con la misma orientación; algunos de los huesos, además de haber sido calcinados, presentan marcas de cortes. Mil doscientos años más tarde, parte del enterramiento se vió afectado por una nueva inhumación, en esta ocasión individual.