La presencia de comunidades animales en el Cañón de los Almadenes y su entorno viene dada por factores como la alta calidad de las aguas del río Segura en este tramo, la presencia de acantilados y paredes rocosas del cañón y del Alto del Almorchón, así como la existencia de la zona kárstica de Los Losares. El gran valor ecológico de estas zonas determina el alto grado de protección que recibe la fauna.
El cañón se encuentra incluido dentro de la ZEPA (Zona de Especial Protección para Aves) de Sierra del Molino, Embalse del Quípar y Llanos del Cagitán. Se trata de un espacio natural sin figura de protección que, conforme a la disposición adicional tercera, CUATRO, de la Ley 4/92, de 30 de junio, de Ordenación y Protección del Territorio de la Región de Murcia, y a la Resolución de 22 de septiembre de 1993, de la Agencia Regional del Medio Ambiente y la Naturaleza, tiene iniciado el trámite para la aprobación del correspondiente Plan de Ordenación de los Recursos Naturales.
A la vez está contenida en el área de Protección de la Fauna Silvestre denominada Embalse de Alfonso XIII, Cagitán y Almadenes, tendiendo la consideración de Área de Sensibilidad Ecológica (art. 22, 23 y 32.3 de la Ley 7/95, de 21 de abril, de la Fauna Silvestre, Caza y Pesca Fluvial, (BORM nº 102, de 4.05.95) y 38 a 42 de la Ley 1/95, de 8 de marzo, de Protección del Medio Ambiente de la Región de Murcia (BORM nº 778, de 3.04.95).
Existen comunidades de animales que, dada su escasez en la Región de Murcia y su estatus de especie amenazada, resultan especialmente relevantes, es el caso de los murciélagos, cabra montesa, nutria y ciertas rapaces. Su presencia denota el buen estado de conservación del ecosistema del cañón y sobre ellas giran buena parte de las medidas adoptadas para la protección y conservación de la fauna de la zona por la administración municipal y regional.
