Cabra Montesa o Capra pyrenaica
La cabra montesa se extinguió en la Región de Murcia en la década de los años 20' del siglo XX para posteriormente volver a recolonizar territorios durante los años 40' y 50', sobre todo en la zona Noroeste, por lo que su estatus está clasificado como vulnerable. Se trata de una de las especies más relevantes del cañón y su entorno, puesto que existen poco más de una decena de ejemplares ubicados en el Alto del Almorchón, constituyendo la población más oriental de toda la Región. Es posible que los individuos presentes en este lugar provengan de la zona del cañón que ocupa el término municipal de Calasparra y la Sierra del Molino. Las nuevas poblaciones de cabra montés muestran un avance muy importante en la recuperación del ecosistema existente antes de su extinción, lo que supone una clara mejoría en la vegetación y características medioambientales del Almorchón.
Otras especies protegidas
El Cañón de los Almadenes también se encuentra habitado por otros animales entre los que destacan, dentro del campo de las aves, los artinetes, avetorillos, garzas reales, ánades reales, martines pescadores, mirlos acuáticos, lavanderas boyeras, oropéndolas, mitos y pájaros moscones. Entre los reptiles son frecuentes el galápago leproso y entre los anfibios, el sapo común, sapo corredor, rana verde y el gallipato. La carpa y el barbo son los representantes más abundantes entre los peces y los invertebrados se encuentran representados por el cangrejo de río y un raro caballito del diablo.