Murciélago
Las cuevas, simas y abrigos rocosos a los que ha dado lugar el fenómeno kárstico en la zona de Almadenes y Los Losares son refugios idóneos para las poblaciones de murciélagos que se encuentran en la zona. Cuatro espacios son los más importantes dentro de este paraje:
Cueva-Sima Río Niño
Se encuentra situada en Los Losares y en ella habitan cerca de 70 individuos repartidos entre las especies Rhinolophus hipposideros, o murciélago pequeño de herradura, Rhinolophus ferrumequinum, o murciélago grande de herradura, Myotis myotis, o murciélago ratero o ratonero grande, Myotis, myotis (blythii), o murciélago ratonero mediano y Plecotus austriacus, u orejudo meridional. La mayoría de estas especies son muy vulnerables y se encuentran protegidas en el ámbito europeo y mundial.
Cueva de Las Cabras
También situada en el paraje de Los Losares, presenta un número máximo de 3 individuos, pertenecientes a las siguientes especies: R. ferrumequinum, M. myoti, M. blythii, M myotis(blythii), P. austriacus y otros 300 individuos sin determinar, pertenecientes a las familias Vespertilionidae/Miniopteridae.
Sima Promoción
Se trata de una sima emplazada entre los parajes de Los Losares y Cañón de los Almadenes, al estar excavada en la caliza su acceso sólo se puede realizar por espeleólogos. En su interior se estima que pueden vivir del orden de 8.000 a 10.000 individuos, pero en determinadas épocas del año en las que la temperatura es muy baja este número desciende, pasando a ocupar alguna de las otras dos cavidades vistas. Las especies más significativas son Rhinolophus euryale, o murciélago mediterráneo de herradura o rinolofo mediterráneo; R. mehelyi, o murciélago mediano de herradura o rinolofo mediano; M. myotis; M. blythii; M. capaccinii, o murciélago patudo o de dedos largos y Miniopterus schreibersii, o murciélago de cueva o troglodita, la especie más abundante.
Cueva-Sima de La Serreta
La Serreta se encuentra en pleno Cañón de los Almadenes, posee dos entradas, una se encuentra en la parte alta del cañón, por la que se supone entrarían los pobladores de esta cavidad desde época neolítica y otra más amplia, que se abre directamente al desfiladero y por la que parece entran los murciélagos. Su interior, aunque muy iluminado, no es propicio para el refugio diurno, contiene dos galerías en las que se observan cerca de medio centenar de ejemplares pertenecientes a la especie murciélago grande de herradura (R. ferrumequinum).
Nutria
La conservación y calidad del agua del río Segura son parámetros que determinan la presencia de uno de los vertebrados más singulares de la fauna de Almadenes: la nutria. Se trata de una especie vulnerable a escala nacional, especialmente en la Región de Murcia. Mientras que en la década de los 60 se distribuía a lo largo de todo el cauce del río, en la actualidad la nutria se encuentra restringida a muy pocas zonas. El Cañón de los Almadenes es uno de los parajes donde las nutrias aún encuentran un ecosistema de condiciones óptimas para su hábitat, aguas limpias, no contaminadas y riberas aptas para su refugio y cría.