Conflictos y disputas señoriales
Desde la reconquista hasta el siglo XVII disponemos de escasas noticias referentes al Balneario de Fortuna. Se asiste a un aumento de la población estable de los Baños, que utilizarán el agua termal con fines diferentes a los originales; riego de tierras, abastecimiento de población y para impulsar dos molinos harineros. Durante la Alta Edad Media, la ruina de las instalaciones romanas es un hecho; las capillas se amortizan y se colmatan de rellenos, ubicándose en su interior pequeñas chabolas y quedando la piscina, prácticamente, inutilizable. Desde el siglo XIII Fortuna pertenecía al concejo de Murcia; sin embargo algunos señores intentarían ejercer el control sobre estas tierras, causando numerosas disputas entre los propios señores y los vecinos de la zona. El último gran conflicto tiene como resultado la independencia de Fortuna en 1628; la petición al rey de la Carta de Independencia a principios del siglo XVIII provoca una serie de litigios con los señores, que quedarán resueltos a favor del concejo de Fortuna 20 años más tarde. En muchas ocasiones, la causa de estos pleitos serán los Baños.
Reformas en los Baños
Durante el siglo XVII, los Baños alcanzan una gran prosperidad; se convierten en un negocio para el concejo de Fortuna, que obtiene una renta de 2000 ducados anuales. A pesar del deterioro de la antigua instalación balnearia romana, el agua termal de Fortuna gozaba de mucho prestigio. Desde finales del siglo XV se constata un aumento de visitantes, documentado gracias a la cerámica de esta época, tanto local como de importación, aparecida en las excavaciones.
Este hecho provocó que el Ayuntamiento interviniera directamente en los Baños, no sólo realizando obras de acondicionamiento y limpieza de las estructuras existentes, también mediante la construcción de nuevas estructuras; dos estancos, destinados a alojar a los visitantes del Balneario y una nueva piscina, construida sobre los restos romanos. El siglo XVII se caracteriza por la visión por parte del Concejo de Fortuna de las aguas termales como un buen negocio, que sólo se convertirá en rentable cuando se realizan nuevas obras de acondicionamiento, en especial para los visitantes foráneos, abandonando aquellas infraestructuras, de época romana, en completa ruina, que habían quedado ya obsoletas.
