Los restos de época islámica son escasos. Se concentran bajo la Hospedería moderna, junto a la entrada del conjunto y en una de las capillas laterales. Sí son frecuentes los restos cerámicos que, aunque en ocasiones han aparecido fuera de contexto, demuestran por su abundancia que el Balneario islámico era el principal enclave de Fortuna en esa época.
El Baño
Los restos constructivos más importantes son los hallados sobre el estanque romano; éste fue reformado, probablemente, entre los siglos XI y XII, recrecidos sus muros con dovelas procedentes de los arcos del pórtico, que rodeaba la piscina, y rematados con dos cúpulas de ladrillo apoyadas en pechinas. Como entre la salida de aguas del edificio romano y el estanque tuvo que existir una fuente más o menos monumental, los reformadores medievales no tuvieron más remedio que salvar ese tramo, que no les servía para nada, con una prolongación del canal de evacuación de aguas del interior de la piscina.
El Funduq
Situado fuera del recinto romano, el estado de conservación es pésimo debido a la pobreza de los materiales y a que gran parte de sus alzados se utilizaron en la hospedería del siglo XVII. Se conservan los cimientos de uno de los ángulos del edificio construidos en tapial. En cualquier caso se puede reconstruir con bastante aproximación la forma y dimensiones del edificio.
El ángulo conservado tiene unas dimensiones de 20 por 7 m., formando dos grandes crujías de 2'5 m. de anchura. Éstas se abrían a un patio central, que estaba flanqueado por las dos crujías, pero que podía estar rodeado por salas semejantes, que lo cerrarían formando un cuadrado o un rectángulo. Tenía un segundo piso donde se encontraban las habitaciones a las que se accedía por un pasillo de madera, que se apoyaba en postes del mismo material, y que hacía las veces de porche de la planta baja. Las grandes dimensiones que tenía el edificio demuestran la masiva afluencia de viajeros durante el dominio islámico, a pesar de que los médicos de esta época desaconsejaban el baño en establecimientos termales, porque pensaban que la concentración de enfermos en espacio tan reducido podía servir más para propagar enfermedades que para paliarlas.
Interior del recinto romano
Restos de estructuras de esta época han aparecido en el fondo de una de las capillas. Se trata de una estructura circular de piedra en seco, cuya función no ha podido ser definida, pero que está asociada a materiales cerámicos de época islámica. Da la certeza de que hasta el siglo XIII la capilla estuvo en uso, aunque con una función diferente a la original.
Las últimas campañas de excavación han confirmado las hipótesis planteadas desde la aparición de los primeros restos arqueológicos. Desde el siglo V d.C, fecha en el que el santuario es abandonado definitivamente hasta el siglo XII d.C, momento en el que el Sudeste vive un período de auge, los baños fueron testigos de una ocupación residual, hasta que una coyuntura económica favorable permitió el reacondicionamiento del conjunto, no sólo para el baño, también para el riego de tierras. Las obras en el conjunto se realizan en momentos de auge económico en el Sudeste; su construcción coincide con la monumentalización de Carthago Nova, las reformas islámicas con el período de mayor pujanza del reino Taifa de Murcia y, posteriormente, las obras modernas con un momento en el que el termalismo experimenta una gran difusión por toda Europa, al tiempo que en Murcia se produce un gran desarrollo económico y poblacional.
