Las excavaciones pusieron al descubierto un funduq (palabra que en español deriva en fonda), en la zona que se sitúa fuera de los muros de cierre del edificio romano y del baño principal, situado en el estanque que en época romana recibía a los fieles. La utilización durante los siglos XII y XII del antiguo Santuario romano obligó a que se limpiara la piscina de escombros, a mantener limpio el canal de desagüe y a construir nuevos tramos de canales en el exterior del edificio romano.
Los restos balnearios más importantes de este período están sobre el estanque romano. Los muros de sillería se elevan con dovelas procedentes de las bóvedas de la entrada romana, añadiéndose pechinas en el interior y cubriendo todo con dos cúpulas de ladrillo, que apoyaban en estas pechinas. Los restos materiales de los siglos XII y XIII son abundantes; vajilla de mesa (jarritas, cuencos, ataifores), de cocina (ollas, marmitas) y de almacenamiento (jarras). De todo el material recuperado destaca una jarrita completa esgrafiada, que presenta decoración epigráfica, aunque sin formar palabras. Estas piezas tenían un marcado carácter mágico-profiláctico. El hecho de que se hallara de una sola pieza y en un contexto de época moderna induce a pensar que esta cerámica pudo ser conservada por una población morisca, que continuó asentada en la zona.
El fin del complejo islámico se produce en el siglo XIII. Los repobladores castellanos destruyen la instalación termal y saquean el funduq. La ruina de este edificio es tal en el siglo XIV que es irrecuperable, demoliéndose para aprovechar las vigas de madera. Una población musulmana importante ubicada en Abanilla y otra no afirmada claramente por los documentos medievales y modernos, pero existente en Fortuna, y sus reivindicaciones acerca de las aguas termales como elemento para el baño y la agricultura, serán una fuente permanente de conflictos con los escasos repobladores cristianos del lugar hasta el siglo XVI. A partir de ese momento los últimos vestigios del mundo musulmán desaparecen.