Tras la ocupación de la zona de la ermita en época romana no se tienen documentadas posteriores actividades en ella. Algunos historiadores apuntan a la posibilidad de que se convirtiera el antiguo templo en una pequeña ermita cristiana o que los restos los ocupara algún asceta cristiano o musulmán.
El período medieval en Caravaca es uno de los mejor documentados en la Región de Murcia. Su cercanía a la frontera granadina y castellana situarían a esta comarca en el epicentro del devenir histórico de la Reconquista. Aunque sabemos que Caravaca pertenecía a la Cora de Tudmir, que es como se denomina a la administración musulmana, la cual surge tras la invasión árabe en el siglo VIII del territorio murciano, las referencias al municipio surgen de una manera más acusada a partir del siglo XIII, con las tan referidas tradiciones de la aparición milagrosa de la cruz. Toda Caravaca se ve envuelta en la continua pugna por reconquistar todo el territorio a los musulmanes y repoblarlo nuevamente dentro del ámbito administrativo y religioso cristiano.
La construcción de un templo nos trae noticias de esta pequeña villa. La actual ermita vieja se configuró en el siglo XVII, aunque ya tenía allí su culto la Virgen, la advocación pasó a ser la Encarnación de Nuestra Señora de las Cuevas, iniciándose las rogativas en 1620, coincidiendo con las sequías y plagas de langosta que afectaron a la localidad. Durante todo el siglo XVIII fueron creciendo los campos de labranza de La Encarnación, predominando los cultivos de cereal, hortalizas y plantas textiles como el cáñamo.
El siglo XIX, sin embargo, supondría un estancamiento para la zona, debido a las sequías y evolución económica. Las grandes fincas de un solo propietario fueron diversificándose en cultivos más reducidos. Hoy día en la villa se reconocen siete grandes fincas.
